Op 23 augustus 1939 tekenen Duitsland en Rusland te Moskou een niet-aanvalsverdrag, bekend als het Molotov-Ribbentroppact, waarbij tevens in geheime notulen afspraken werden gemaakt over de invloedsferen van beide landen over de Poolse, Baltische en Wit-Russische gebieden. Ondanks het vredesverdrag van 1934 tussen Polen en Duitsland, viel Duitsland Polen binnen op 1 september 1939. Rusland deed hetzelfde op 17 september 1939. Izbica komt korte tijd onder Sovjet-bezetting. In die tijd leefden 6.000 mensen in Izbica, waaronder 5.098 Joden. Wanneer enkele weken later tussen Duitsers en Sovjets een aantal grenscorrecties werden vastgelegd, werd Izbica toegewezen aan de Duitsers. Een aantal jonge inwoners uit het de gemeente besloten om met de Sovjets weg te trekken. Velen van hen werden later gedeporteerd naar Siberië. Het grootste deel van de bevolking besloot te blijven en de nazi-bezetting te ondergaan.

In het begin, uitgezonderd enkele misdaden begaan tegen Joden en het verplicht dragen van de Davidster, werd er geen grootschalige repressie tegen de Joden gevoerd, dat zal pas eind 1939 het geval zijn. Vanaf 1942 zal Izbica ingericht worden als doorgangsgetto, en werd daarmee de 'Voortuin van de Vernietiging'. In theorie was het geen gesloten getto, maar doordat het dorp aan drie zijden omringd werd door heuvels en een rivier, zaten door deze natuurlijke grenzen, de bewoners van Izbica als ratten in de val. Reeds vanaf de herfst van 1939 werden Poolse joden gedeporteerd vanuit de westelijke gelegen bezette Poolse gebieden naar het oosten. Vele Joden die arriveerden in Izbica, waren afkomstig uit Lodz, Glowno en Kalisz, en werden ondergebracht in de Joodse huizen. Tegen 1941 waren ongeveer 1.000 Joden vanuit Lublin naar Izbica getransporteerd. Het dorp begon overvol te raken. Tengevolge van de bezetting en de transporten stak een nieuw probleem de kop op in Izbica: hongersnood.

Begin 1941 werd in Izbica het Gestapo hoofdkwartier voor het ganse Krasnystaw district gevestigd. Chef van de Gestapo was SS-Hauptscharführer Kurt Engels die samen met zijn assistent, Ludwig Klemm, voor een waar schrikbewind zorgde in Izbica. Kurt Engels, geboren in 1915 te Keulen, was in 1929 toegetreden tot de Hitllerjugend, en in 1933 lid van de SA geworden. In 1938 werd hij lid van de SS. Hij startte zijn loopbaan bij de Gestapo in februari 1937 te Keulen tot hij in 1941 werd overgeplaatst naar Izbica.

Engels en Klemm bleken spoedig psychopatische moordenaars te zijn. Van Engels werd gezegd dat hij nooit ontbeet vooraleer hij een paar Joden had doodgeschoten. Engels was een erg lawaaierige SS-er met een grillig humeur. Zijn kompaan Ludwig Klemm was een rustige SS-officier die perfect Pools beheerste en gedwee achter zijn baas Engels aanliep. Engels beval de ene executie na de andere en nam er zelf gretig deel aan. Wanneer hij door de dorpstraten liep haalde hij af en toe zijn revolver boven, schoot in het wilde weg in volle straat enkele Joden dood, en wandelde daarna rustig verder alsof er niks was gebeurd. Engels beleefde zichtbaar genoegen aan het moorden. Dan kwam er een brede glimlach op zijn gezicht waarbij een gouden tand werd ontbloot die angstaanjagend schitterde in het zonlicht...

De Gestapo-beulen lieten spoedig ook de locale Christelijke intelligentia arresteren en zond hen naar de concentratiekampen Auschwitz en Majdanek. De onderwijzers Sliwa, Bazylko, Czubaszek, en ander prominente Polen verdwenen zonder een spoor na te laten en keerden nooit meer weer. Op een dag, zo rond tien uur in de morgen, liepen mensen luid roepend door de straten dat Engels en Klemm elke Jood neer schoten die binnen hun hun zicht viel. Binnen enkele seconden was iedereen uit de straat verdwenen. Al lachend forceerden ze zich toegang tot de huizen en schoten iedereen dood, inclusief baby's in hun wiegen, alleen om de sport. Engels vermoordde vijfendertig Joden die dag. De ganse dag klonk er luid gejammer en geschreeuw van mensen in het dorp die rouwden om hun doden.

Kurt Engels werd na de oorlog niet vervolgd. Hij verdween aanvankelijk onder een valse Duitse naam. Echter, bij toeval werd hij in 1958 ontdekt door een overlevende die op zoek was gegaan naar wat er van Engels was geworden. Engels bleek tot ieders verbazing onder zijn echte naam te wonen in Hamburg, waar hij sinds 1955 het sjieke Café Engels uitbaatte. Engels werd op 31 oktober 1978 gearresteerd en in afwachting van zijn proces opgesloten in de gevangenis van Hamburg. Hij zal echter nooit gestraft worden voor zijn misdaden want nauwelijks twee maanden later, 30 december 1958, pleegde Kurt Engels zelfmoord in zijn cel. Zijn kompaan, Ludwig Klemm, werd in 1978 in Duitsland ontdekt waar hij leefde onder de valse naam Ludwig Jantz. Klemm werd opgepakt en opgesloten in de gevangenis van het Duitse Limburg, waar hij in mei 1979 zelfmoord pleegde nog vooraleer hij berecht kon worden.