Met het uitbreken van de oorlog, wanneer op 1 september 1939, de Duitsers Polen overvielen, veranderde het vluchtelingenbeleid van België. Frankrijk en Groot-Brittannië hadden Duitsland enkele dagen na de inval de oorlog verklaard. Ook België bevond zich vanaf dan in staat van oorlog en kondigde op 28 augustus 1939 de mobilisatie af en riep alle mannen tussen 18 en 45 jaar onder de wapens. In de periode tussen september 1930 en 10 mei 1940 (de inval van Duitsland van het westen), tijdens de zogeheten Phoney War (oorlog maar die geen oorlog was) besloot de regering om geen Joodse vluchtelingen meer te repatriëren naar Duitsland en haar andere geannexeerde gebieden. [sic]

Vanaf dan begon de Belgische regering zich door de oorlogssituatie ernstig zorgen te maken over de Openbare Veiligheid. Dat leidde rechtstreeks tot tot de besluitwet van 28 september 1939 die een uitbreiding was van de besluitwet van 12 oktober 1918. Die besluitwet zal later aan de basis liggen van de arrestatie van verdachten en geïnterneerden van mei 1940 en verleende aan de minister van Justitie, de toenmalige socialist Eugène Soudan die het vreemdelingenbeleid onder zijn bevoegdheid had, volmachten om: 1) alle verblijfsvergunningen van buitenlanders in te trekken en 2) bij gewoon ministerieel besluit de volgende maatregelen te treffen ten overstaan van illegale buitenlanders of wier aanwezigheid als schadelijk voor de veiligheid of de economie van het land werd geacht: uitzetting, internering en verblijfsverbod (of verplichte verblijfsplaats).

Door de aanwezigheid van zoveel duizenden buitenlanders steeg ook de angst voor een zogeheten Vijfde Colonne. Zo werden bijvoorbeeld de communisten nauwlettend in de gaten gehouden. Door het sluiten van een niet-aanvalsverdrag tussen Duitsland en Rusland, enkele weken voor de inval in Polen, werden gevluchte buitenlandse communisten en ook de Belgische communisten als potentiële vijanden gezien, vermits zij op dat ogenblik theoretisch de bondgenoten waren van Duitsland. Daarnaast vreesden zij ook de spionnen van de Duitse Abwehr en van de Italiaanse fascisten die zich tussen in de vluchtelingenstroom naar België zouden kunnen ophouden. Die vrees was zeker niet ongegrond want later zal blijken zoals bijvoorbeeld in het boek Dossier Abbeville van Dr. Carlos H. Vlaemynck, dat zeker ongeveer 10% van de 78 weggevoerden naar Abbeville inderdaad spionnen bleken te zijn.

Daarnaast bestond er dan ook nog een andere Vijfde Colonne in eigen land: de rechts-extremisten van Rex, Verdinaso, VNV, Volksverweering en Nationaal Legioen. Niettegenstaande het Verdinaso in 1934 een nieuwe [mars-]richting was ingeslagen, die van het Belgicisme en pro de monarchie, bleef zij zich echter keren tegen de parlementaire democratie, die 'van binnenuit moest veroverd worden' en weigerde deel te nemen aan de verkiezingen. Hij bleef tot het einde fulmineren tegen de parlementaire werking. Al in 1931 had Van Severen toenadering gezocht tot Hitlers partij en reisde met dat doel verschillende keren naar Duitsland. Zo ook in mei 1933 wanneer Van Severen samen met Ward Hermans (die net Dinaso-lid was geworden) naar Duitsland afreisde, voor een ontmoeting met kopstukken van de Duitse Stahlhelm. Met deze organisatie van Duitse oorlogsveteranen van 14-18, knoopte Van Severen onderhandelingen aan om subsidies voor het Verdinaso los te krijgen. Maar die onderhandelingen lopen op niets uit.

Na de nieuwe marsrichting in 1934 groeit het wantrouwen van de nazi's tegenover het Verdinaso en tegen juli 1940 was het Duitse militaire bestuur helemaal gekant tegen het Verdinaso dat het kapittelde als 'politiek en moreel onbetrouwbaar'. In zijn nieuwjaarstoespraak van 1934 had Van Severen nog gedweept met zijn buitenlandse voorbeelden en stelde dat: "het Verdinaso de enige vertegenwoordiger in Dietsland is van de internationale fascistische beweging." De stijl en de rituelen van de nazi's met hun SA (Sturmabteilungen) en Benito Mussolini's fascistische Zwarthemden Militie (La Milizia Nazionale opgericht in 1923) werden klakkeloos overgenomen in zijn Dinaso Militie. Tot kort voor het uitbreken van de oorlog bleef Van Severen goede maatjes met de adel en het koningshuis en bleef een graag geziene gast op het koningsdomein van Laken. Die 'vriendschap' tussen Van Severen en de monarchie was geen toeval. Dat koning Leopold III ook niet vrij was van persoonlijke ambities zal kort blijken na de inval van 10 mei 1940 en die veel later na de oorlog zijn climax hebben tijdens de Koningskwestie.

Ook het VNV van Staf De Clercq werd flink gewantrouwd en daar was een goede reden voor. Staf De Clercq had reeds lang voor de invasie in het geheim en in overleg met de Abwehr (de Duitse spionage- en contraspionagedienst) de M.O. (Militaire Organisatie) opgebouwd. Al in 1934 had Staf De Clercq contacten gelegd met de Abwehr via zijn contactman majoor Marwede en de belangrijkste contactman van de Duitse Abwehr Dr. Fritz Scheuermann. De M.O. was diep geïnfiltreerd in het Belgische leger met het doel de Vlaamse militairen zoveel mogelijk te ontmoedigen en zich te onttrekken aan de krijgsverrichtingen wanneer de inval van het Duitse leger zou plaats hebben. Op 31 juli 1940, een maand na de overgave van het Belgisch leger op het bevel van de niet gevolmachtigde koning Leopold III, schreef Von Falkenhausen, die dan de bevelhebber van het Duitse militaire bestuur (Militärverwaltung) over België was geworden over de M.O van Staf De Clerq: "Het VNV heeft zich zonder twijfel bepaalde verdiensten in het Aktiegebied van Abwehr II verworven."

Ook de gewezen Abwehr officier Paul Leverkühn schreef later in zijn boek over de Duitse Inlichtingendiensten: "Van betekenis voor de Abwehr was het bestaan van Vlaams-nationale organisaties in de formaties en eenheden van het Belgisch leger, waardoor de eenheid van dit leger werd verstoord en zijn strijdvermogen kon verzwakt worden." Gekende M.O.-mannen waren onder meer Ward Hermans, Bert Meuris, Emiel D'Hondt en Reimond Tollenaere. Al voor de oorlog werden andere bekende VNV'rs en M.O.-mannen zoals bijvoorbeeld Herman Van Ooteghem, Jules De Hen en Karel Van Roosendael tot vlak voor de oorlog in het veroverde Polen tot Abwehr-agent opgeleid. Tijdens de 18-Daagse Veldtocht zullen zij via de Duitse radio de Vlaamse soldaten oproepen om hun wapens neer te gooien. Later, na de inval, wanneer de Belgische soldaten worden krijgsgevangen gemaakt worden en afgevoerd naar Duitsland, zullen de nazi 's de vooroorlogse geste van Staf De Clerq niet vergeten, en net zoals tijdens de Eerste Wereldoorlog de beruchte Flämenpolitik herhalen: de Vlaamse soldaten kwam al vrij snel weer vrij uit de Duitse Stalags en Oflags, de Waalse soldaten bleven opgesloten tot het einde van de oorlog.