Afb. rechts: Zeldzame originele foto van de verbrandingsinstallatie in Crematorium II van Auschwitz-Birkenau. Ook Crematorium III had eenzelfde verbrandingsinstallatie. Deze reeks van vijf ovens werd gefabriceerd door het Duitse bedrijf Topf und Söhne. Elke oven bestond uit één monoblok waarin telkens drie moffels waren ingewerkt en bruinkool als brandstof gebruikten.

Na de vergassing begon het zware werk van het Sonderkommando: het wegwerken van de lijken. Met haken en speciale hoofdklemmen, trokken zij de lichamen uit de gaskamer en sleepten ze naar de Leichenkeller. Zalmen Gradowski: "Drie gevangenen zijn met het lijk van een vrouw bezig. De ene steekt een tang in haar mond en zoekt gouden tanden die er - als ze gevonden zijn - met tandvlees en al uit worden getrokken. Iemand anders knipt het haar en de derde trekt snel de oorringen eraf, waarbij hij vaak gaat bloeden. Ringen die niet gemakkelijk van de vingers glijden, moeten met een tang verwijderd worden. Daarna gaat het lijk naar de lift. De mannen gooien de lijken als houtblokken op elkaar, en als er zeven of acht liggen, wordt met een stok teken gegeven en gaat de lift omhoog.[...]"

Hierna beschrijft Gradowski de crematie van de lijken: "Op de bovenverdieping staan vier man bij de lift. De twee aan de ene kant van de lift trekken de lijken naar het 'magazijn'; de anderen gooien hen meteen naar de ovens, waar ze in paren bij elke opening komen te liggen. De vermoorde kinderen komen op een grote hoop. Ze worden op de tweetallen volwassenen gelegd, gesmeten. Elk lijk wordt op een ijzeren 'grafplank' gelegd: de deur naar de hel gaat open en de plank wordt naar binnen geschoven.[...] De haren vatten het eerst vlam. De in vlammen gehulde huid vliegt een paar tellen later in brand. Nu beginnen de armen en benen te zwellen als gevolg van uitdijende bloedvaten. Het hele lichaam brandt inmiddels fel; de huid is uitgebrand; vet druipt sissend in de vlammen. [...] De buik verdwijnt. De darmen en ingewanden zijn snel verteerd, en na een paar tellen is er geen spoor meer van te zien. Het hoofd brandt het traagst; twee kleine, blauwe vlammetjes flakkeren in de oogkassen, die samen met de hersens verbranden.[...] Het hele proces duurt twintig minuten - dan is een mens, een wereld, tot as verbrand."

Het gebeurde regelmatig dat door overbelasting en constructiefouten de ovens uitvielen, of er zoveel slachtoffers werden aangevoerd (ten tijde van de vernietiging van de Hongaarse Joden in de zomer van 1944) dat de verbrandingsinstallaties overbelast en ontoereikend waren. Door het Sonderkommando werden diepe verbrandingskuilen uitgegraven, de lichamen op grote roosters gelegd en in open lucht in de open kuilen met benzine of methanol overgoten en alzo verbrand. Na verbranding werd de overgebleven asse verspreid over de velden, of in de rivier gegooid of in de grond gestopt. Voormalig Sonderkommando in Birkenau Shlomo Venezia verhaalt over toen hij bij Bunker II (een voormalige boerderij omgebouwd tot gaskamer) aan de verbranding van de kadavers werkte: "De Duitsers stuurden ons dus naar de andere kant van de boerderij, naar de kuilen. Ze bevalen ons de lichamen uit de gaskamer te slepen en ze bij de kuilen neer te leggen. Zelf ben ik niet in de gaskamer geweest; ik heb aan één stuk door met lijken gesleept van ed Bunker naar de kuilen. Andere mannen van het Sonderkommando, met meer ervaring dan wij, kregen de opdracht om de lichamen zodanig in de kuilen te gooien dat het vuur niet doofde. Als de lijken te dicht op elkaar kwamen te liggen, kon er geen lucht meer bij de vlammen komen en zou het vuur uitgaan of minder hevig branden. Dat zou de kapo's en de Duitsers die ons bewaakten woest hebben gemaakt. De kuilen waren langwerpig en hellend uitgegraven, waardoor het vet dat uit de brandende lijken kwam, naar een hoek stroomde, waar het werd opgevangen in een soort kuip. Als het vuur dreigde uit te gaan, moesten de mannen wat van dat vet uit die bak halen en dat op de vlammen gooien om het vuur weer te doen oplaaien."

Soms werden grote stukken beenderen die niet verbrand raakten apart verzameld en, zoals bv. in het concentratiekamp van KZ Janowska het geval was, met een machine vermaald. Deze machine, ook 'bone crusher' genoemd, was speciaal voor dit werk ontworpen om 'het werk wat te laten opschieten' (zie afbeelding onder rechts Sonderkommando 1005 aan de slag met de 'bone-crusher' in KZ Janowska) Leon Wells (Wieliczker), een van de weinige Sonderkommando's die de hel overleefden, was lid van Sonderkommando 1005 in het concentratiekamp Janowska niet ver van Lublin. Vele gevangenen van Auschwitz-Birkenau die de eerste selectie op het treinperron hadden overleefd, vervolgens genummerd werden, en voor de tijd dat ze nog te leven hadden, werden tewerkgesteld in de tientallen bijkampen van Auschwitz. Velen van hen belandden uiteindelijk bij het Sonderkommando 1005 in KZ Janowska om daar het vernietigingswerk uit te voeren. Leon Wells getuigde later op het Eichmannproces in Jeruzalem in 1961 over zijn ervaringen als lid van Sonderkommando 1005 hoe zijn kommandoploeg de opdracht kreeg om alle lijken die de afgelopen drie jaren waren vermoord en in greppels waren gedumpt, terug moesten opgraven en verbranden om alle sporen van de massamoord te doen verdwijnen:

"Wij moesten alle graven waar de mensen die de afgelopen drie jaren werden vermoord waren gedumpt, terug openen, de lichamen eruit halen, ze opstapelen tussen houtblokken in lange rijen en deze lijken verbranden; daarna de beenderen vermalen, de asse doorzoeken of er zich nog waardevolle zaken tussen bevonden zoals gouden tanden, ringen enz. Nadat de beenderen waren vermalen gooiden we de asse hoog op in de lucht zodat de wind ze zou verspreiden, we gooiden de aarde terug in de graven en zaaiden planten en groen in, zo dat niemand nog zou kunnen zien dat er ooit een graf was geweest.

Vervolgens brachten ze nieuwe mensen aan - nieuwe slachtoffers; ze werden daar doodgeschoten - nadat ze zich eerst hadden ontkleed - en moesten ook deze lichamen verbranden. Op dinsdag 29 juni 1943 kwamen 275 mensen toe, zij werden in groepjes van 25 met een machinegeweer doodgeschoten. Nadat de eerste 25 in de kuil waren gestapt en neergeschoten waren, kwamen de volgende 25 aan de beurt. De 275 die op die dag werden vermoord verklaarden iets wat we voordien niet goed hadden begrepen. Er waren sommige graven waar het ons toeleek dat de mensen niet waren neergeschoten... Hun monden stonden open met uitpuilende tongen. Het leek er meer op dat deze mensen waren gestikt. Hieruit leerden we dat deze mensen levend begraven waren, omdat toen we hen later opgroeven om ze te verbranden, we ontdekten dat sommige slachtoffers slechts licht gewond waren door het kort afgevuurde salvo van het machinegeweer op de 25 mensen. Zo bleek dat sommigen slechts licht gewond werden in een arm en neerzegen waardoor ze leven werden begraven door de lichamen boven hen. Zo gebeurde het die nacht dat toen we een lichaam oppakten en het in het vuur wierpen dat op het laatste ogenblik het slachtoffer begon te roepen - luid gillend omdat ze nog steeds leefden...

Onze kommandogroep was opgesplitst in twee verschillende groepen. In het begin was er één, daarna twee 'Brandmeister' (brandmeesters), twee Zähler (tellers), een 'asse commandant', dragers, trekkers en ook poetsers. De Brandmeisters waren verantwoordelijk voor het vuur. Wanneer de lijken hoog in de vorm van een pyramide waren opgestapeld, soms tot 2.000 lichamen tegelijk - moesten zij er voor waken dat het vuur bleef branden. De Zähler (teller) moest de telling bijhouden van het aantal lichamen die werden verbrand en dat getal moest kloppen met de oorspronkelijke lijst; er bestond een exacte lijst van het aantal gedode mensen. Dus de Zähler hield de telling bij van hoeveel mensen er werden opgegraven en hoeveel er werden verbrand. Het rapport was opgesteld met potlood en papier - het was aan iedereen verboden om het getal te vernoemen, en ook de Zähler moest vergeten wat hij had genoteerd. Wanneer dan de volgende ochtend de Hauptscharführer of Untersturmführer vroeg: "Hoeveel werden er gisteren verbrand?", mocht de Zähler daar niets op zeggen. Hij moest antwoorden: "Ik ben het vergeten".