Eind augustus 1939 wordt de laatste vooroorlogse IJzerbedevaart gevierd. De stemming is erg bedrukt want de oorlogsdreiging is reeël en niet veraf meer. Op 1 september 1939 vallen de nazi's Polen binnen, waarop Engeland en Frankrijk de oorlog verklaren aan het Derde Rijk. Op 10 mei 1940 worden Nederland, België en Luxemburg in enkele weken tijd door de Duitse Blitzkrieg platgewalst en bij het Derde Rijk ingelijfd.

Uit voorzorg hadden de Belgische autoriteiten beslist om talrijke 'verdachten' aan te houden en naar Frankrijk te deporteren, van wie mogelijk verwacht kon worden dat ze zouden collaboreren met de vijand of 'een gevaar betekenden voor de Nationale Veiligheid'. Tijdens de 'achttiendaagse veldtocht' worden vele leiders van allerlei pluimage opgepakt zoals bv. Joris Van Severen van het Verdinaso, Léon Degrelle van Rex maar ook communisten, joden en toevallige passanten.

Ook verschillende leden van het vooroorlogse IJzerbedevaartcomité worden opgepakt, zo onder meer de secretaris Clemens de Landtsheer (VNV-lid) en Raf Demoen alsook Edgar Lehembre, die o.m. actief was in Volksverwering en later de leider van het N.S.J.V. (Nationaal-Socialistische Jeugd Vlaanderen) zal worden. 

Na wat omzwervingen in Franse concentratiekampen, onder meer in Saint Nazaire, wordt De Landtsheer op 23 mei 1940 vrijgelaten. Bij zijn thuiskomst stelt hij vast dat tijdens een luchtbombardement van de Engelsen, door een vliegende bom een gat in de IJzertoren werd geslagen. Eveneens was de torenwachter Omer Lanvain bij een bombardement omgekomen, de noodbrug over de IJzer in Diksmuide was door de terugtrekkende Engelse soldaten vernietigd, en bovendien kreeg De Landtsheer te horen dat het secretariaat van het IJzerbedevaartcomité en zijn aanpalende woning volledig in de as werden gelegd.

Ondanks de oorlogssituatie worden toch door het IJzerbevaartcomité de eerste vergaderingen belegd, dit naar aanloop van de eerstkomende IJzerbedevaart, de XXIste dus, die moest doorgaan op 18 augustus 1940. De samenstelling van het bestuur van dat comité zal tijdens de oorlogsjaren dezelfde blijven als die van voor de Tweede Wereldoorlog. Met als belangrijkste leden Frans Daels (voorzitter), Michiel Bulckaert (ondervoorzitter), Clemens de Landtsheer (secretaris), Jeroom Leuridan, Filip de Pillecijn, Germain Lefever, Juliaan Platteau, Ferdinand 'Nand' Vercnocke e.a. (leden). Op 1 januari 1943 zal het comité nog worden uitgebreid met onder meer Paul Daels, de zoon van de voorzitter Frans Daels en die veel later de sjerp van zijn vader zal overnemen.

Het comité was in werkelijkheid de verlengde arm van het VNV (Vlaams Nationaal Verbond) van Staf de Clercq, en later na diens overlijden van Henrik Elias. Frans Daels trad al in september 1940 toe tot de Raad van Leiding van het VNV; Clemens De Landtsheer werd in 1941 VNV-gemeenteraadslid in Kaaskerke, in 1942 schepen en in 1943 VNV-burgemeester van zijn stad; Jeroom Leuridan was VNV-parlemenstlid en VNV-gouwleider voor West-Vlaanderen.

Michiel Bulckaert was als sinds 1936 bestendig afgevaardigde voor het VNV in de West-Vlaamse provincieraad en hij werd kort na de Duitse inval door het VNV aangesteld tot gouverneur ad-interim van West-Vlaanderen en zal dit tot het einde van de oorlog blijven; Germain Lefever was voorzitter van het VOS (Verbond der Vlaamse Oud-Strijders), hij werd in 1942 kabinetschef van de Gentse VNV-oorlogsburgemeester Henrik Elias en in 1943 werd hij VNV-oorlogsburgemeester van Groot-Gent.

Lefever speelde later een belangrijke rol bij de oprichting van de Vlaamse Fabriekswacht (later omgedoopt tot Vlaamse Wachtbrigade) waarvan de rekrutering aan het VOS was opgedragen. De Wachtbrigade stond in voor de bewaking van fabrieken, vliegvelden en legerdepots van de Duitse luchtmacht en de militie werd ook ingezet tegen sabotageacties van het verzet en stond onder Duits bevel.