Wanneer op 10 mei 1940 Duitsland België bezet, zal Staf de Clercq zich openlijk achter de nazi's scharen, openlijk anti-semitische propaganda bedrijven en haar leden ophitsen om deel te nemen aan de razzia's tegen joden en andersdenkenden. Dat Staf de Clercq van plan was het VNV van in den beginne om te vormen tot de Vlaamse nationaal-socialistische eenheidspartij, waarbij hij de ideologie in al haar consequenties aanvaardde, blijkt uit het ontwerp dat tot stand kwam in de zomer van 1940, dat de titel meekreeg: "Programma der Nationaal-Socialistische Beweging voor Vlaanderen"

Reeds in juni 1940 overhandigde Staf de Clercq de Duitse bezetter een nota, waarin hij zich bereid verklaarde tot samenwerking. In feite hervatte het VNV zijn politieke bedrijvigheid met de heruitgave op 13 juni 1940 van ‘Volk en Staat’, het officiële dagblad van het VNV. Ter verantwoording verklaarde de redactie: "Wij zijn noch stuurloos, noch teneergeslagen". Ze wees erop dat Vlaanderen de gemeenschap van de westerse democratieën verliet en zich vervoegde in de rangen van het nationaal-socialisme.

Het duurde nog tot 10 november 1940, na talrijke besprekingen tussen hem en de Duitse militair bestuurder van België, Eggert Reeder, vooraleer Staf de Clercq en zijn VNV zich openlijk tot de collaboratie bekeren en hij zijn organisatie ter beschikking stelt van de Duitse bezetter. Dit maakte hij bekend in een redevoering die op 10 november in Volk en Staat wordt afgedrukt ("Een merkwaardige rede") waar hij uitdrukkelijk zijn vertrouwen in den Führer Adolf Hitler uitspreekt. Volk en Staat van 13 november 1940 brengt de 'Merkwaardige Rede' die Staf de Clercq hield op 10.11.1940 in Brussel uit op haar voorpagina:

Een Merkwaardige Rede
Duitschland is onze vijand niet. Wij hebben vertrouwen in den Führer. Wij twijfelen er niet aan of wat hij zal doen, zal goed gedaan zijn. Goed voor ons Volk, voor heel ons Volk. Ons Volk heeft zijn bestemming terug gevonden. Die bestemming is niet Latijnsch, zooals men ze in België wou afdwingen. In 1914-1918 zei men: "La Belgique sera latine ou elle ne sera pas".

Dat was een uitdaging en een bedreiging voor Vlaanderen. De Vlaamsch-Nationalisten hebben den handschoen van den strijd opgenomen. Ons antwoord luidde: "De bestemming van het Vlaamsche Volk is Nederlandsch, dus Germaansch." De Führer heeft verklaard: "Denemarken, Holland noch België zullen door Duitschland als vijanden worden behandeld."

In België heeft die verdienste zeker niet gelegen bij de houding der regeering of der partijen vòòr den oorlog, maar aan de Vlaamsch-Nationale Beweging zelf; die Vlaamsch-Nationale Beweging werd gedragen door groeperingen die zich nooit vijandig aangesteld hebben tegen Duitschland of zich nooit hebben bezondigd aan hetze. De Vlaamsch-Nationale Beweging was Duitschvriendelijk.

Vlaanderen moet inschakelen in de nieuwe orde, geboren uit de nationaal-socialistische revolutie. Het VNV stelt zich ten doel het vestigen van de nieuwe orde in Vlaanderen.

(...) Deze nieuwe politieke orde dient gevestigd te zijn, eensdeels op het beginsel van het leiderschap, andersdeels op het uitschakelen en verwerpen van alle instellingen, groeperingen of uitingen die de organische eenheid der Volksgemeenschap aantasten of ondermijnen. (...)

Ondertusschen hebben wij nog andere plichten te vervullen:
a) Bekamping der hetze; b) Bekamping van den woeker; c) Strijd tegen de Joden.

Hetzers zijn agenten van Engeland. Zeg mij niet: "Het zijn landgenooten of volksgenooten". Als mijn broeder mij naar het leven staat, dan is hij mijn broeder niet meer. Hij is mijn vijand en ik behandel hem als dusdanig. Woeker is de noodlottige uitlooper van het liberalisme. Hij is tevens zeer schadelijk voor de Volksgemeenschap.

Joden kunnen geen volksgenooten zijn; kunnen dus niet als volksgenooten behandeld worden. Ons volk kan er alleen wel bij varen.

(...) Van uit de bisschoppelijke paleizen heeft men zich niet kunnen onthouden te wijzen op de verplichtende liefde die Vlamingen en Walen moeten koesteren voor België, het vaderland. Hun Hoogwaardigheden spelen met vuur!... België is het vaderland der Vlamingen niet, is nooit hun vaderland geweest.
(...) Van den anderen kant wijzen de geheime plakbrieven en de sluikblaadjes er op, dat er zich een systematische pro-Engelsche aktie ontwikkelt.
(...) Sabotage-daden komen meer en meer voor.
(...) Alles is aanwezig om rust en vrede in het land te hebben. Men kan in zijn hart andere toestanden wenschen en andere opvattingen hebben, doch het land heeft er niets bij te winnen die gevoelens te veruiterlijken en aldus voor het oogenblik onrust te scheppen.
(...) In geen geval wenscht of wil het VNV een Engelsche overwinning. De Germaansche samenhoorigheid is geen ijdel woord. Lang vòòr den oorlog reeds heeft het VNV partij gekozen.

(...) Kameraden, (...) Zooals priester Verschaeve het nog enkele dagen geleden zegde: "Hebben wij vertrouwen!" En wij voegen er bij: "Wij zijn er van overtuigd dat het jonge en machtige Duitschland, dat de Führer dat vertrouwen niet zal beschamen!" Intusschen, blijft trouw aan uw organisatie, aan het VNV.

Moesten sommige vormen in de toekomst gewijzigd worden, de Leiding van het VNV zal haar verantwoordelijkheid nemen. Wij zullen uw vertrouwen niet beschamen. De lage verdachtmakingen, die men tegen ons heeft uitgespeeld, trappen wij misprijzend met den voet van ons af. De dag komt - en hij is niet ver meer verwijderd - waarop zal kunnen openbaar worden gemaakt hoe het VNV tijdens de mobilisatie en tijdens den oorlog, een der glansrijkste bladzijden uit de geschiedenis van Vlaanderen heeft geschreven. In afwachting van dien dag, roep ik u nogmaals toe: "Vertrouwen, kameraden!"
Het VNV. Hou Zee!

De prijs van dat akkoord met Eggert Reeder, de feitelijke baas onder generaal Alexander von Falkenhausen van het Militair Bestuur dat bestuurt over België en Noord-Frankrijk, weegt zwaar op het VNV: Staf de Clercq moet hem beloven dat hij artikels omtrent de wensdromen van een Dietse Staat niet langer zal publiceren in de VNV-pers zoals Volk en Staat en later ook het VNV-weekblad De Nationaalsocialist.

Het oorspronkelijke doel van het VNV, het herenigen van Dietsland, moet noodgedwongen worden opgeborgen. In de praktijk betekent dit vooral dat er niet verwezen mag worden naar Groot-Nederland, maar wel naar een eventuele aansluiting van Vlaanderen bij Duitsland (Groot-Duitsland).

Eggert Reeder is de man die verantwoordelijk is voor het uitstippelen en toepassen van de politieke beslissingen van de bezettingsadministratie. Zeer snel komt hij tot de conclusie dat de uiterste terughoudendheid, opgelegd in politieke aangelegenheden, niet van toepassing kan zijn op de Vlaams-Waalse problematiek. De instructies van 14 juli 1940 stellen hem in staat een actieve ‘Flamenpolitik’ te voeren. Het VNV mag vrij spoedig -en dat als enige politieke partij- opnieuw manifestaties organiseren, maar moet op bevel van Hitler zwijgen over de politieke toekomst van Vlaanderen.

In het voorjaar wordt de druk om alle Vlaams-nationale partijen, milities en organisaties te laten fusioneren, door de Duitse bezetter opgevoerd. Het VNV slaagt erin om op 5 mei 1941 Rex-Vlaanderen en het Verdinaso op te slokken en heet vanaf dan Eenheidsbeweging-VNV, doch kreeg er onverwachts een geduchte concurrent bij: de DeVlag van Jef Van de Wiele, die kon rekenen op alle steun en middelen van de SS. Naast het Militaire Bestuur van Eggert Reeder, was ook de SS begonnen om haar invloed en macht in de bezette gebieden te doen gelden. Daartoe was ook al in november 1940 de Algemeene SS-Vlaanderen (Vlaamse SS) opgericht.

Het VNV reageert met veel machtsvertoon en vraagt tevergeefs een officiële erkenning als enige toegelaten partij maar dat is buiten Himmler en de SS gerekend. In juli 1940 smelten ook de jeugdbewegingen van het Jong Dinaso en de Rex-Jeugd in Vlaanderen samen met het AVNJ dat zich voortaan Nationaal-Socialistische Jeugd Vlaanderen (NSJV) laat noemen en wordt de facto de jeugdbeweging van het VNV. Eveneens smelten samen de paramilitaire formatie van het VNV, de Zwarte Brigade (voorheen Grijze Brigade), met de DMO van het Verdinaso.

Al vrij vroeg ronselde het VNV vrijwilligers voor de Nationalsozialistische Kraftfahrer Korps (NSKK). Vooral de D.M./Z.B. had veel Oostfrontvrijwilligers afgevaardigd naar het NSKK. De D.M./Z.B. had immers een eigen ‘Motorbrigade’. De NSKK was een gemotoriseerd onderdeel van de SS, dat instond voor de bevoorrading van het front. De vrijwilligers werden meestal opgeleid tot mecanicien/vrachtwagenchauffeur. De VNV-leden waren erg sterk vertegenwoordigd binnen de Vlaamse vrijwilligers bij de NSKK.

Ook het Militair Bestuur (MB) van Reeder beschouwde de SS als een bedreiging. Het VNV werd dan ook als wapen tegen de SS ingeschakeld door het MB. De SS had haar zinnen gezet op de Algemeene SS-Vlaanderen maar eveneens op de DeVlag als toekomstige en de enige politieke partij van Vlaanderen, in navolging van de NSDAP in Duitsland.

Om toch maar in de gunst van de bezetter te blijven, begint het VNV vanaf 20 april 1941 manschappen te ronselen voor de Waffen-SS. Wanneer op 22 juni 1941 Hitler met een immense troepenmacht de Sovjetunie binnenvalt, begint het VNV te ronselen voor het Vlaams Legioen, met het achterliggend idee van een toekomstig Vlaams Leger op te bouwen, geleid door Vlaamse officieren die vooral gerecruteerd moesten worden bij de Vlaamse officieren van de Luitenant De Winde-Kring (LDWK) in Lückenwalde

Op 10 november 1941 vertrekt het Vlaams Legioen naar Tarrasowa in de Sovjet-Unie. Aanvankelijk worden zij niet meteen ingezet aan het front maar worden verplicht om vrijwel elke dag slag te leveren tegen Partizanen die van alle kanten blijven opduiken. De eerste zes Vlaamse Legioensoldaten worden hier gedood door Partizanen. Op 22 januari 1942 sneuvelt Reimond Tollenaere door een artillerie-inslag van een 88 mm bom under friendly fire. De verslagenheid om het verlies van Tollenaere op het thuisfront is groot en dat vooral bij Staf de Clercq zelf, die Reimond Tollenaere steeds had gezien als zijn mogelijke opvolger.

Pas vanaf 30 januari 1942 neemt het Vlaams Legioen deel aan de frontgevechten. Zij vechten mee in de Slag om Wolchow, nemen stelling in de loopgraven rond Leningrad en worden bij bosjes gedood. Het VNV blijft dan ook voortdurend propaganda voeren om nieuwe vrijwilligers te werven om de getalsterkte van het Vlaams Legioen op peil te houden. Ook bij de Vlaamse arbeiders die vrijwillig naar Duitsland waren vertrokken om er te werken, werd er ook in de Duitse fabrieken voortdurend geronseld, zowel door DeVlag als door het VNV.