In november 1940 wordt Franz Stangl op het Reichskriminalpolizeiambt te Berlijn ontboden en krijgt hij van Kriminalrat Werner een nieuwe functie als hoofdinspecteur van de politie bij de Gemeinnützige Stiftung für Heil und Anstaltspflege (de Algemene Stichting voor Gezondheids- en Inrichtingenzorg) waarvan het hoofdkwartier gelegen was in de Tiergartenstrasse nr 4. Dit was het bestuurscentrum van de nazi's van één van de meeste geheime projecten op dat ogenblik, waar euthanasie werd gepleegd op lichamelijk en geestelijk gehandicapten in Duitsland en Oostenrijk, de aanzet tot de latere Endlösung van de joden en andere minderheden.

Voordien, op 31 augustus 1939, was aan het sterilisatieprogramma door de 6de Durchführingsverordnung een einde gesteld waardoor de sterilisaties tot het einde van de oorlog grotendeels werd stilgelegd. Vanaf dan maakte een brief van Hitler van 1 september 1939 de dood door euthanasie mogelijk: "Rijksleider Bouhler en Dr. Brand hebben, onder hun verantwoordelijkheid, de opdracht de bevoegdheden van met name aan te wijzen artsen zo uit te breiden dat aan naar menselijke maatstaf ongeneeslijk zieken na zeer kritische beoordeling van hun gezondheidstoestand de genadedood kan vergund worden."

Franz Stangl meld zich aan in de Tiergartenstrasse bij SS-Obersturmführer Viktor Brack en krijgt een groen politie-uniform aangemeten. Stangl vangt korte tijd later zijn taak aan in één van de vele euthanasiecenters van het Derde Rijk in Schloss Hartheim. Zijn taak was om de 'orde en de wet' te handhaven, de euthanasie zelf werd uitgevoerd door SS dokters. Hij hield zich -naar eigen zeggen- voornamelijk bezig met de eigendomsrechten van de slachtoffers, verzekeringskwesties, achtergebleven kinderen. In oktober '41 wordt hij voor een maand naar een ander euthanasiehuis Bernburg gezonden om daar orde op zaken te stellen.

In de zomer van 1941 was het euthanasieprogramma uitgelekt, de publieke verontwaardiging was groot en onder druk van de Kerk en de publieke opinie beval Hitler 'officieel' op 24 augustus 1941 het einde van het euthanasieprogramma. In werkelijkheid bleven de meeste centra gewoon open. Vanaf november 1941 werden onder de codenaam '14F13' in Hartheim (en elders) de eerste politieke gevangenen vergast die overgebracht werden vanuit de concentratiekampen zoals Bergen Belsen, Mauthausen en Buchenwald. Ook criminelen en joden werden 'ongeneeslijk krankzinnig verklaard en vergast. Hartheim bleef zelfs bestaan tot het einde van de oorlog en het vergassen ging zelfs door toen de geallieerde Amerikaanse strijdkrachten al opgerukt waren tot aan de Rijn.

Op 31 juli 1941 belast Hermann Göring aan Reinhard Heydrich en de SS om de Endlösung of Gesamtlösung van het jodenprobleem op te lossen. Op 20 januari 1942, houden Adolf Eichmann en Reinhard Heydrich een conferentie in Wannsee, om de instemming van alle betrokken geledingen te bekomen en de praktische uitvoering te regelen voor de organisatie van het algehele vernietigingsprogramma van de Europese joden.

De vernietigingskampen, of ook wel De Vergeten Kampen genoemd, waren dus een feitelijke voortzetting en een »verbeterde versie« van het beruchte euthanasieprogramma, »T4«. Van de »crew« van de ca. 400 medewerkers aan »T4« zullen er bijna honderd naar Polen verkassen om er in de vernietigingskampen aan de slag te gaan. Op 7 december 1941 werden in Chelmno de eerste 'experimenten' uitgevoerd en het feitelijke eerste vernietigingskamp werd geopend. Chelmno was oorspronkelijk ook bedoeld om als euthanasiecentra dienst te doen.

Officieel werden de euthanasiecentra ontmanteld maar Stangl blijft nog in kasteel Hartheim werken tot februari 1942 wanneer hij opnieuw naar het hoofdkwartier in de Tiergartenstrasse wordt ontboden en met een nieuwe opdracht wordt belast. Hij krijgt bevel om naar het Lublin district te gaan en zich ter beschikking te stellen van SS-Obergruppenführer en Polizeiführer Odilo Globocnik, waar hij in maart 1942 toekomt.

In de Poolse gebieden aan de grens met Rusland werden in hoog tempo vernietigingskampen gebouwd -en andere concentratiekampen zoals KZ Auschwitz omgebouwd- met het oog op de feitelijke fysieke vernietiging van de Europese joden. De taak van Globocnik was om 'Aktion Reinhard' te coördineren en toezicht te houden op de werking van de kampen. Hij zocht zelf zijn mensen uit, benoemde commandanten en kamppersoneel en zag toe op de praktische werking en optimalisatie van de genocide. Adolf Eichmann coördineerde de deportatie en het transport per trein vanuit de bezette gebieden naar de kampen.