Na de vernietiging van het kamp in september 1943, wordt Franz Stangl overgeplaatst naar Triëste om er tegen de partizanen te strijden. Samen met Odilo Globocnik, Christian Wirth en nog 120 anderen, waarvan tien uit Treblinka, worden zij gestationeerd in Fiume in Noord-Italië. Stangl gaat nog een tijd aan de slag als bevoorradingsofficier van Einsatz Poll. Dat was een bouwproject ter versterking van de Po-vlakte onder het bevel van Globocnik. Tegen het einde van 1944 was Stangl ernstig ziek geworden. Hij had koorts en vertoonde overal blauwe vlekken. Hij ligt een tijd in het veldhospitaal van Fiume of Triëst en nadat hij genezen was moest hij zich opnieuw melden in Berlijn. Het waren de laatste dagen van de oorlog en chaos alom.

Stangl besluit om terug zijn gezin te vervoegen in Lembach (Oostenrijk). Daar wordt hij korte tijd later (juli '45?) opgepakt door de Amerikaanse strijdkrachten en opgesloten in de gevangenis van Linz omwille van zijn lidmaatschap van de SS. Op dat ogenblik hadden de Amerikanen geen benul dat zij de kampcommandant van Treblinka hadden opgesloten.

Op 30 mei 1948 slaagt Stangl -samen met zijn kompaan Gustav Wagner- erin om te ontsnappen uit de gevangenis van Linz en via Rome naar Damaskus in Syrië te ontkomen. Hij kreeg daarbij de hulp van Bisschop Aloïs Hudal, die rector was van het klooster Santa Maria del Anima en biechtvader van de Duitse katholieke gemeenschap in Rome. In mei 1949 laat hij zijn gezin overkomen naar Damaskus.

In 1951 verkoopt het gezin Stangl hun hele hebben en houden en door middel van het Vatikaanse netwerk dat nazi's hielp om naar Zuid-Amerika te ontvluchten, verhuizen de Stangls naar São Bernardo do Campo in Brazilië. Die stad lag ongeveer 30 kilometer van São Paulo en was de autostad van Brazilië. Naast een fabriek van Mercedes en een onderdelenfabriek, was de fabriek van Volkswagen SA het grootste filiaal buiten Duitsland. Met de hulp van zijn vrienden kan Franz aan de slag in de Volkswagenfabriek en dat tot aan zijn arrestatie en dat zelfs onder zijn werkelijke naam.

In 1961 stond Franz Stangl op de Oostenrijkse lijst van 'gezochte misdadigers' onder het nummer '34/34 Mord: Tatbestand Treblinka'. Vanaf dan krijgt Stangl nazi-jager Simon Wiesenthal achter zich aan. In 1964 vind het beruchte Treblinka-proces plaats en ook daar wordt zijn naam genoemd. Op 28 februari 1967 werd Franz Stangl eindelijk getraceerd en opgepakt en naar de militaire gevangenis van Brasilia overgebracht in afwachting van zijn uitlevering aan Duitsland. Dat gebeurde op 22 juni 1967.

Hij wordt in Düsseldorf in Duitsland voor het gerecht gedaagd en op 22 december 1970 tot levenslange gevangenisstraf veroordeeld wegens medeplichtigheid aan de moord op 900.000 mensen in de tijd dat hij commandant van Sobibor en Treblinka was. Een half jaar later, 28 juni 1971, overlijdt Franz Stangl in de gevangenis aan een hartinfarct, het was hem allemaal teveel geworden..

Franz Stangl werd geïnterviewed door de schrijfster/ journaliste Gitta Sereny in 1970 die haar notities later verwerkte in het boek 'De Duisternis tegemoet - Bekentenissen van Franz Stangl, commandant van Treblinka'.

SS-Brigadeführer en Polizeiführer Odilo Globocnik, de politiechef van het Lublin district, had zich verscholen in een hut aan de Weissensee in Karinthië in Oostenrijk, en hij werd aldaar gearresteerd door Britse troepen op 31 mei 1945. Enkele dagen later -op 6 juni 1945- pleegde Globocnik zelfmoord door vergif in te nemen.

SS-Sturmbannführer Christian Wirth (1885-1944) werd na zijn job in de vernietigingskampen geposteerd naar Trieste in Italië. In september 1943 werd hij commandant van SS-Einsatzkommando R, dat was samengesteld uit voormalige Aktion Reinhard leden. Op 26 mei 1944 werd Wirth door partizanen gedood in de omgeving van Trieste. Hij werd begraven op de Duitse Militaire begraafplaats in Costermano, nabij Verona in Ialië.

SS-Hauptsturmführer Franz Reichleitner die na het vertrek van Franz Stangl kampcommandant werd van KZ Sobibor, werd na de ontmanteling van het kamp (sommigen bronnen zeggen direct nà de revolte) overgeplaatst naar Italië. In de regio van Fiume vocht hij in het kader van Aktion Reinhard tegen de partizanen en hielp er joden opsporen en executeren. Hij sneuvelde daar op 3 januari 1944 en werd begraven op dezelfde Duitse Militaire begraafplaats als Christian Wirth.