In het voorjaar van 1944 verwachtte Hitler een geallieerde landing en laat vanaf mei 1944 vele gevangenissen en kampen ontruimen. Op 6 mei 1944 wordt ook A-Lager Breendonk helemaal ontruimd en 597 gevangenen worden gedeporteerd naar andere meer oostelijk gelegen concentratiekampen zoals Buchenwald, Dachau, Bergen-Belsen en Neuengamme.

Er blijven nog slechts een 25-tal gevangenen achter. Onder hen is de Nederlandse Jood Roger Van Praag die bijdroeg bij de redding van vele Nederlandse en Belgische Joden.

Vlaamse SS'r Fernand Wijss komt er spoedig achter welke rol Van Praag speelde en maakt hem tot mikpunt van zijn pesterijen. De hele dag jaagt hij de arme man op, wiens enige misdaad was dat hij jood was, en laat hem onder onophoudelijke afranseling met zijn zweep zware kruiwagens met steenbrokken vervoeren. Als Van Praag uitgeput neerzijgt roept Wijss spottend: "Der Jude ist müde" (de Jood is moe)

Wijss roept zijn kompaan Richard De Bodt erbij en samen gooien ze Van Praag met kruiwagen en al in de gracht. Wijss loopt met opzet door de modder en dwingt Van Praag zijn laarzen schoon te maken. Van Praag ziet bijna niks meer want zijn neus en kaak zijn gebroken en zijn ogen dichtgeslagen. Hij moet door zijn medegevangenen gevoed worden. "Jij zult nooit levend Breendonk verlaten. Dat geef ik je op een briefje.", roept Den Beestmensch Wijss hem nog achterna.

Den 'Beestmensch' aangehouden!

Vlaamse SS-man Fernand Wijss (25 jr) bij zijn verhoor na zijn aanhouding in mei 1945: " Ik heb als leider in dit kamp vele ongelukkigen met stok- en zweepslagen gemarteld. Joden heb ik levend begraven en als deze reeds met de eerste lagen zand bedekt waren, en zich omwentelden in hun doodsstrijd heb ik hun toegeroepen dat ze konden ontvluchten. Deze stervende Joden heb ik met ijskoud water begoten om de marteldood te bespoedigen. Nooit heb ik opdracht gekregen gevangenen te fusilleren, maar wel om deze te kisten; ook heb ik geen deel genomen aan de martelingen door elektrische stroom."

Het Einde van het Kamp

Sinds 15 november 1943 was Kampcommandant Philip Schmitt terug naar Berlijn gehaald en vervangen door de Oostenrijkse SS-Sturmbannführer Karl Schönwetter uit Wenen.

Op 6 juni 1944 vindt Operation Overlord plaats (de landing in Normandië), maar de geallieerden botsen op hevige weerstand en Hitler krijgt weer vertrouwen in zijn leger. Het Belgisch verzet neemt fel toe en in de laatste weken van de bezetting wordt de repressie heviger en worden opnieuw velen aangehouden en opgesloten in Breendonk. Nog in augustus vinden er herhaaldelijk executies plaats.

Intussen rukken de geallieerde legers verder op en eind augustus 1944 worden ongeveer 120 gevangenen in een goederenwagon te Antwerpen geduwd richting Neuengamme. Op 31 augustus worden de laatste 130 gevangenen met opgevorderde autobussen naar het doorgangskamp van Vught gevoerd (in de omgeving van 's Hertogenbosch in Nederland) van waaruit ze later naar andere kampen worden gedeporteerd.

De kampcommandant van Vught was verbaasd te zien in welke erbarmelijke toestand de gevangenen verkeren: "Jullie werden in Breendonk toch door Vlaamse mensen bewaakt?".Een gevangene verbetert hem: "Pardon, het waren geen mensen maar wilde dieren." De verbaasde kampleider sprak: "Ik heb nog nooit zo'n troep zielige gevangenen gezien, het is de eerste en meteen ook de laatste keer dat ze me met zo'n bende opzadelen!"

In het Auffangs Lager Breendonk zouden in totaal van 20 september 1940 tot en met 31 augustus 1944 ongeveer 3.457 gevangenen opgesloten geweest zijn, waaronder 23 vrouwen. Daarvan zijn er zeker 486 in Breendonk zelf overleden. 300 van ontbering en/of mishandelingen, 165 anderen werden gefusilleerd en 21 opgehangen. In die periode werden minstens 440 gevangenen weer vrijgelaten en ongeveer 2.500 werden gedeporteerd naar andere concentratiekampen. Zeker 1.600 ex-gevangenen van Breendonk stierven in andere concentratiekampen.

Na de bevrijding van de laatste Duitse kampen in 1945 werden er slechts 850 ex-gevangenen van Breendonk gerepatrieërd.