Nadat de laatste Duitsers op 3 september 1944 het Fort hebben ontruimd, is dit helaas nog niet het einde van het gruwelverhaal van Breendonk. Al in de ochtend van 4 september wordt het Fort opnieuw in gebruik genomen door de geallieerden en worden er massaal Duitse krijgsgevangenen in het Fort bijeen gebracht. Niet voor lang echter want de dagen die volgden worden deze krijgsgevangenen verder afgevoerd naar grote gevangenkampen rondom de hoofdstad.

Tegelijkertijd worden ook de eerste incivieken en collaborateurs door het locale verzet, de politie en de rijkswacht, in het Fort opgesloten. Hen wachten zware tijden. Door het machtsvacüum dat viel tussen de onverwacht snelle bevrijding op 4 september en µhet feit dat de regering pas op 8 september terugkeert naar België en nog vele weken nodig heeft om de orde in het land te herstellen, krijgen de volksrepressie en het verzet vrij spel in het Fort van Breendonk.

Op het ogenblik van de bevrijding was het verzet veruit het best bewapend en zal tussen 4 september en 10 oktober 1944 de controle over het Fort en de aldaar opgesloten collaborateurs behouden. Integendeel tot wat later werd beweerd (o.m. door Rommelpot), was er geen bepaalde verzetsgroep die het Fort beheerde en waren in het Fort zowel leden van de Gewapende Partizanen als van het Geheim Leger actief. Het commando stond onder leiding van baron Leopold De Meester van het Geheim Leger en zijn directe ondergeschikte is Maurice Mariotte, eveneens lid van het Geheim Leger en bevelhebber van de sector Klein-Brabant. Andere commandanten in het Fort zijn Frans Brabants en De Meester van de verzetsgroep Belgische Nationale Beweging (BNB).

Gevangen collaborateurs worden mishandeld en geslagen en uitgehongerd. Sommige bewakers verplichten gevangenen om tegen elkaar te boksen en vooral het geval van de echtgenote van de oorlogsburgemeester De Hollander uit Tisselt, kreeg grote bekendheid. Ter intimidatie wordt zij in een doodskist gelegd. Vooral 'Tante Jeanne' (Jeanne Hoekmans) kan haar sadisme in het Fort uitleven. In november 1944 wordt Tante Jeanne opgepakt en veroordeeld tot 3 1/2 jaar gevangenisstraf.

Het duurt niet lang vooraleer de wantoestanden in het Fort naar buiten uitlekken en de overheid grijpt eindelijk in. Op 11 oktober 1944 worden de gevangen collaborateurs met vrachtwagens afgevoerd naar de Dossin kazerne.