Van alle documenten die verhalen over de massamoorden en andere gruwelijkheden is het Jäger Rapport één van de meest angstaanjagende. Dit rapport van de commandant van Einsatzkommando 3 beschrijft koelbloedig en in detail hoe in de eerste vijf maanden na het begin van Operatie Barbarossa (de inval in Rusland begon op 22 juni 1941), onder zijn leiding meer dan honderdduizend mensen door zijn speciale commando werden omgebracht.
Op 1 december 1941 kan Jäger in zijn rapport met nauwelijks verholen trots aan zijn overste Stahlecker mededelen: "Ik kan heden bevestigen dat het doel, nl. het Jodenprobleem voor Litouwen oplossen, van EK. 3 bereikt is. In Litouwen zijn er geen Joden meer, behalve werk-Joden en hun familie." Jäger had zijn 'werk' meer dan grondig uitgevoerd en de balans was dan ook verschrikkelijk: volgens zijn rapport werden 137 346 personen geliquideerd, voornamelijk joden waarvan meer dan eenderde kinderen.
De taak van EK.3 die in dit rapport wordt beschreven was Litouwen te zuiveren van joden, partizanen, communisten e.a. Wanneer je dit rapport leest werd op het veld niet enkel jacht gemaakt op partizanen, zoals Holocaust-ontkenners graag beweren, maar op vele andere categorieën van mensen die volgens de nazi's ongeschikt voor het leven waren verklaard. Zo lees je bijvoorbeeld op 1 september 41 dat in Mariampole 109 geesteszieken werden vermoord naast 1.763 Joden, 1.812 Jodinnen, 1.404 Joodse kinderen, 1 Duitse vrouw die gehuwd was met een jood, en één Russin" (Monat September: 1.9.41 Mariampole 1763 Juden, 1812 Jüdinnen, 1404 Judenkinder, 109 Geistes- kranke, 1 deutsche Staatsangehörige, die mit einem Juden verheiratet war, 1 Russin.)
Het rapport beschijft ook hoe de joden werden omgebracht zo bv. op pagina 7: "De joden werden in contingenten van 500 met een tussenruimte van minstens twee kilometer naar de executieplaats getransporteerd. De moeilijkheden en het zenuwslopende werk dat daarbij geleverd moest worden, toont een willekeurig gekozen voorbeeld: In Rokiskis moesten 3208 mensen 4,5 kilometer ver worden getransporteerd voor ze konden geliquideerd worden."
SS-Standartenführer Karl Jäger (20.9.1888-22.5.1959) was de commandant van Einsatzkommando 3, een subeenheid van Einsatzgruppe A die onder het commando stond van SS-Brigadeführer Dr. Walter Stahlecker. Deze Groep opereerde in het zog van Heeresgruppe Nord in de Baltische Staten tot aan Leningrad en had haar hoofdkwartier in Krasnovar. Van de vier Einsatzgruppen die operereerden achter de frontlinies van de Wehrmacht in de Sovjet-unie, is het meest geweten over de samenstelling van Einsatzgruppe A. Einsatgruppe telde ongeveer 990 manschappen en was ingedeeld in 4 subgroepen: Sonderkommandos 1A en 1B en Einsatzkommandos 2 en 3, ook afgekort als EK 2 en EK 3 waarvan het laatste onder het commando stond van Karl Jäger.
De compositie van EK 3 geeft een goed beeld hoe de speciale moordcommando's werden samengesteld afkomstig uit verschillende eenheden. EK 3 bestond uit 141 eenheden: 32 soldaten uit de Waffen-SS, 34 chauffeurs, 1 administratief bediende, 10 agenten uit de SD (Sicherheitsdienst), 10 agenten van de Criminal Polizei, 29 agenten van de Staatspolitie, 8 tolken/vertalers, 1 radio operator, 1 vrouwelijke hulpkracht en 15 Hulppolitie.
In het bijzonder moet ook vermeld worden de hulp die EK 3 kreeg van Litouwse burgers en leden van locale antisemitische milities die met grote brutaliteit en enthousiasme deelnamen aan de vele bloedige slachtpartijen. Karl Jäger maakt hier verscheidene keren expliciet melding over in zijn rapport zo bv. op pagina 1: "Executies uitgevoerd door Litouwse partizanen op mijn instructies en op mijn bevel: 2.977 Joden en Jodinnen in Kauen" en op pagina 6: "Joden geliquideerd door pogroms en executies, exclusief door partizanen, alvorens Einsatzkommando 3 de taken van de veiligheidspolitie overnam: 4.000"
Alhoewel het Jäger Rapport te laat werd ontdekt om te kunnen gebruikt worden tijdens de Neurenberg Processen werd het bij latere processen in verscheidene landen gebruikt als bewijsvoering zo bv. in Canada, Duitsland en de Verenigde Staten. De meest recente keer dat het rapport werd gebruikt was in 1995 in de VS tijdens het beruchte proces tegen de Litouwse pelotonscommandant Jonas Stelmokas, die deel had genomen aan de slachtpartijen in de omgeving van Kaunas.
Na de oorlog was Stelmokas (1916-1999) in 1949 naar de VS uitgeweken en genaturaliseerd tot Amerikaans staatsburger. Na afloop van het proces verloor hij zijn zijn Amerikaanse nationaliteit. Later werd opnieuw een uitleveringsverzoek aan Litouwen behandeld. Stelmokas verloor deze zaak, ging echter in beroep maar stierf in 1999 voor het beroep kon worden uitgesproken. Op beide processen werd door het Amerikaanse gerechtshof het Jäger Rapport als authentiek en rechtsgeldig bevonden.
Noch Karl Jäger of Walter Stahlecker hebben ooit terecht gestaan voor hun misdaden tegen de menselijkheid. Stahlecker werd in maart 1942 dodelijk gewond door Sovjet-partizanen. Jäger overleefde de oorlog en hernam zijn leven in Duitsland tot onverwachts in de jaren vijftig het rapport opdook in het Centraal Litouwse Archief van Vilnius. Jäger werd in april 1959 opgepakt en beschuldigd van oorlogsmisdaden en opgesloten in de gevangenis van Karlsruhe. In een onbewaakt ogenblik verhing Karl Jäger zich op 22 mei 1959 in zijn cel met een radiodraad nog voor hij kon terechtstaan.
