In 1054 na C. kwam het tot een definitieve breuk tussen de Byzantijnse en de Latijnse Kerk. Dat schisma van 1054 weegt tot op vandaag op de christelijke godsdiensten en ligt aan de bron van de zeven bekende kruistochten (tussen 1095 en 1254) en de vele godsdienstoorlogen door de eeuwen heen. Zo ook in het Joegoslavië dat tijdens het interbellum slechts met veel moeite bij elkaar werd gehouden, precies omdat het op het kruispunt lag van de belangrijkste religies van de wereld: Kroatië (en ook Slovenië) was overwegend rooms-katholiek en de vriend van het Vaticaan, Servië was merendeels christen-orthodox en afgestemd op het oosterse christendom en moslims vond je doorheen het land verspreid maar vooral in het centrum (bv. Bosnië) en het zuidwesten van Joegoslavië (Macedonië). In feite is de hele Balkan een lappendeken van zowat alle religies.

De oorlogen die al eeuwenlang in Joegoslavië woeden, zijn niets anders dan godsdienstoorlogen in combinatie met extreem nationalisme en de rol van het Vaticaan hierin is niet onbesproken. Bij monde van Paus Leo X noemde het Vaticaan Kroatië "de buitenpost van het christendom". Voor het Vaticaan hadden de christen-orthodoxen al sinds het schisma van 1054 alle rechten verloren om zich nog langer christenen te noemen.

De oorlogen tussen het katholieke Kroatië en het orthodoxe Servië krijgen een bloedige climax tijdens de Tweede Wereldoorlog en zullen zich in de jaren negentig van vorige eeuw nog eens herhalen met het uiteenvallen van Joegoslavië in verschillende kleine staten. De ene genocide wordt opgevolgd door de andere, wat leidt tot reusachtige volksverhuizingen in het hele land. De ontelbare verschrikkelijke slachtingen die de katholieke Kroatische Ustasa pleegde, onder de Serven, de joden en de zigeuners van Joegoslavië krijgen wel een heel bijzondere dimensie daar zij plaatsvonden met medeweten en de stilzwijgende goedkeuring van Paus Pius XII, Eugenio Pacelli, die sinds 12 maart 1939 de lakens uitdeelde in het Vaticaan.

Eugenio Pacelli, die zelf een rabiate anti-semiet en anti-bolsjewist was (zie ook Hitlers Paus), steunde enthousiast het katholieke Kroatische nationalisme, zoals al bleek in november 1939, kort nadat hij paus werd, toen hij een groep Kroatische bedevaarders in audiëntie ontving die in Rome op bezoek waren voor de heiligverklaring van de Kroatische franciscaner martelaar Nikola Tavelic. In aanwezigheid van aartsbisschop Alojzije Stepinac sprak Pius XII (Pacelli) de bedevaarders toe: "De hoop op een betere toekomst lacht u toe, een toekomst waarin de betrekkingen tussen kerk en staat zo geharmoniseerd zullen worden dat hij tot voordeel strekt van beide."

De toekomst van de Serven, de joden en de zigeuners zag er minder rooskleurig uit. Op dat ogenblik telde Joegoslavië 6,7 miljoen inwoners waarvan 3,3 miljoen katholieke Kroaten, 2,2 miljoen orthodoxe Serven, 750.000 moslims, 70.000 protestanten, ruim 45.000 joden en ongeveer 30.000 zigeuners. De rol die de Kroatische primaten, bisschoppen, priesters en franciscanen speelde in de slachtpartijen in de katholieke Ustasa-staat is ronduit schokkend en weerzinwekkend.

Het beeld van een Kroatische franciscaan die met een crucifix Ustasa-moordenaars zit op te zwepen tijdens een zoveelste barbaarse slachtpartij op onschuldige mensen, vrouwen en kinderen, slaat tot op de dag van vandaag ieder zinnig mens met verstomming en verbijstering. In het concentratiekamp Jasenovac voltrokken zich de gruwelijkste moordpartijen onder leiding van katholieke priesters zoals bijvoorbeeld de franciscaan Miroslav Filipovic die tegelijk priester en kapitein was van de Ustasa en later commandant werd in het concentratiekamp Jasenovac.

Het staat buiten kijf dat de Kroatische katholieke kerk op de hoogte was van de massamoord op de orthodoxe Serviërs en de uitroeiing van bijna alle joden en zigeuners in Joegoslavië. Het Vaticaan heeft op geen enkel ogenblik iets ondernomen om het moorden en de gedwongen bekeringen van orthodoxe Serviërs te stoppen. De officiële apostolische gezant van het Vaticaan die de paus zelf gekozen had om Kroatië te vertegenwoordigen was de corpulente benedictijn Ramiro Marcone.

Marcone's voornaamste daden waren het bezoeken van parades en diners, vaak in het gezelschap van Ante Pavelic, Duitse nazi's en Ustasa-commandanten, terwijl om de hoek een genocide van ongekende omvang plaatsvond. De auteur John Cornwell schat het aantal slachtoffers (anno 2000) tussen 1941 en 1945 op 487.000 Serviërs en 27.000 zigeuners. Van de ongeveer 45.000 Joegoslavische joden werden er, no steeds volgens Cornwell, 30.000 vermoord, waarvan tussen de 20.000 en 25.000 stierven in de concentratiekampen van de Ustasa en 7.000 in Duitse gaskamers.