De oprichting van concentratiekampen om mensen op te sluiten, de dwangarbeid en de liquidatie van grote aantallen Serven, Roma- en Sinti zigeuners, de joden en ook Kroatische tegenstanders van het Ustasa regime, was het resultaat van de raciale en nationalistische politiek van etnische onverdraagzaamheid tijdens de periode van de onafhankelijke staat Kroatië. Kroatië was in werkelijkheid niet meer of minder dan een marionettenstaat van nazi-Duitsland, die in de Ustasa staat van Ante Pavelic haar kleine boosaardige zusje vond.

Door de eerste rassenwetten van de Ustasa staat van 17 april en 30 april 1941, die nog aangevuld werden op 4 juni 1941, werden duizenden mensen blootgesteld aan vervolging en liepen spoedig de kerkers en gevangenissen van Joegoslavië vol met gevangenen. De Ustasa begon met de bouw van nieuwe gevangenissen en kampen in Dakova, Sisak, Stara Gradiska, Lepoglava en Lobor. Echter het grootste en het beruchtste van alle Kroatische kampen was dat van Jasenovac.

Met de bouw van het concentratiekamp van Jasenovac werd omstreeks 24 juli 1941 begonnen. Jasenovac was voor de oorlog een grote bloeiende gemeente, gelegen aan de rechteroever van de rivier Save. De bevolking bestond voor het merendeel uit Serviërs. De belangrijkste spoorlijn tussen Zagreb en Belgrado liep door Jasenovac. Rondom de gemeente bestonden een aantal fabrieken, ondermeer de steenbakkerij Ciglara en het kleine metaalverwerkende bedrijf Landara. Voor met de bouw van het kamp werd begonnen had de Ustasa de ganse gemeente ontvolkt: een deel van de inwoners werd koelbloedig vermoord en het overige deel gedeporteerd. Nadien werd er een Ustasa garnizoen gestationeerd.

Ongeveer 12 km buiten Jasenovac werd in het dorpje Kapje het eerste kamp gebouwd dat de naam Jasenovac I meekreeg. Door de grote aanvoer van gevangenen moest spoedig een niew kamp tussen Kapje en Jasenovac worden opgetrokken: Jasenovac II. De gevangenen moesten zelf beide concentratiekampen opbouwen, inclusief dijken en barakken. Het gebied rondom Jasenovac bleek achteraf niet zo geschikt. De rivieren traden regelmatig buiten hun oevers en overstroomde de kampen en installaties.

De Ustasa zag in dat beide terreinen ongeschikt bleken en richtte vlakbij Jasenovac een nieuw kamp op, in de buurt van de steenbakkerij Ciglara. Later werd er kortbij een kleiner kamp bijgebouwd gekend als Jasenovac IV. Het kamp van Stara Gradiska wordt gewoonlijk als Jasenovac V aangeduid. Het concentratiekamp van Jasenovac was het enige kamp dat systematisch was opgebouwd en zolang de Tweede Wereldoorlog duurde de hele tijd functioneerde. Alle kampen van Jasenovac samen boden plaats aan ongeveer 7000 gevangenen. In de praktijk bleven er gemiddeld 3000 tot 4000 mensen opgesloten.

Het kamp werd geleid door de wrede kampcommandant Vjekoslav Max Luburic en zijn beulen, Ljubo Milos, Ivica Matkovic, Zvonimir Brekalo, Ivica Brkljacic, Saban Mujica en een moslim Zvonko Lipovac met de bijnaam Bloedige Mujo. De ene was al beruchter en wreder dan de andere door hun sadistische brutaliteiten. Onmenselijke wreedheden die zelfs Duitse SS soldaten deden huiveren. Die waren nochtans al wat gewend tijdens de slachtingen van de Einsatzgruppen in de Baltische staten.

Een van de beruchtse sadisten was wellicht Filipovic-Majstorovic, bijgenaamd Fra Sotona ('Broer van de Duivel'). Pater Filipovic was een voormalige Rooms-katholieke priester en monnik in de Orde van Sint Franciscus. Hij werd geboren op 5 juni 1915 in Jajce. Na zijn studies aan het gymnasium van Visoko, studeerde hij theologie in Sarajevo. In 1939 werd Filipovic tot priester gewijd. Tot juni 1942 was hij als aalmoezenier aangesteld in de Ustasa Brigade P.T.S, die onder meer verantwoordelijk zal worden voor de bloedige slachting op 2200 burgers in de dorpen Drakulic en Motika, alsook in Sargovac nabij Banja Luka.

Na deze massamoord werd Pater Filipovic geschorst door de pauselijke afgevaardigde pater Ramiro Marcone. Hij werd door Marcone uit het priesterambt gezet, vervolgens aangeklaagd door de nazi's(!) en voor een Duitse rechtbank gedaagd. Door de interventie van Max Luburic werd Filipovic op 10 juni 1942 naar Jasenovac gehaald waar hij tot 27 oktober 1942 kampcommandant zal blijven. Nadien werd hij overgeplaatst naar het kamp van Stara Gradiska, waar hij kampcommandant was tot 20 maart 1943. Nadien was hij tot 20 december 1943 de adjudant van Ustasa kolonel Simic in Mostar. Eind 1943 trad hij toe tot het oppercommando van de Ustasa waar hij in functie bleef tot 23 april 1944, dezelfde dag dat hij tot commandant bevorderd werd van een Ustasa Bataljon.

Na nog enkele overplaatsingen en geheime missies trok hij zich geleidelijk terug met het Ustasa leger tot in Zagreb. Tijdens de vier maanden dat hij commandant van Jasenovac was, werden onder zijn bewind meer dan 30 000 gevangenen vermoord. Na de oorlog werd Pater Filipovic gearresteerd door de Engelsen en uitgeleverd aan Joegoslavië waar hij zich voor de rechter moest verantwoorden voor oorlogsmisdaden gepleegd in Banja Luka en in het concentratiekamp van Jasenovac.

Voor de Joegoslavische rechtbank legde pater Filipovic uitgebreide bekentenissen af: "Tijdens mijn commando werden volgens mijn cijfers tussen de 20 000 en de 30 000 gevangenen geliquideerd. Vooral zigeuners en joden maar eveneens Serviërs afkomstig uit het Kozara gebergte. Ze werden allemaal binnen de vier maanden omgebracht, behalve de vaklui, die naar het centrale kamp met de Kroatische gevangenen gebracht werden. De gevangenen werden aan de oevers van de Save ofwel doodgeschoten ofwel met houten hamers omgebracht. Het doden van de gevangenen werd gedeeltelijk door een speciaal uitgezochte groep zigeuners, gedeeltelijk ook door de Ustasa-bewakers zelf uitgevoerd. Soms heb ik deelgenomen aan de liquidaties. Ik beken dat ik eigenhandig ongeveer 100 mensen heb gedood in de kampen van Jasenovac en Stara Gradiska."

Op de vraag van de rechter wat de kerkelijke overheid ondernomen had om de mssamoorden in de kampen te verhinderen antwoordde pater Filipovic: "Uit gesprekken met kampcommandant Max Luburic weet ik dat aartsbisschop Stepinac op verschillende bischoppenconferenties en andere bijeenkomsten tegen deze acties in de kampen geprotesteerd heeft. In het openbaar heeft voor zover ik weet niemand tegen deze daden protest aangetekend." Na afloop van zijn proces werd Pater Filipovic ter dood veroordeeld en werd hij opgehangen in 1946.