In de gevangenkampen gingen de Ustasa verschrikkelijk te keer. Een gruwelijke herinnering blijft bijvoorbeeld de pottenbakkersoven van Ciglara. Hier werden vele gevangenen door de Ustasa beestig mishandeld en afgemaakt. Ze gingen de weerloze gevangenen te lijf met alles wat ze maar konden vasthouden: messen, bijlen, tuinhakken, revolvers, zagen, ijzeren staven en houten hamers. Met riemen en zwepen werden de slachtoffers gemarteld, sommigen werden opgehangen anderen brutaal geslagen en geschopt tot ze dood bleven liggen.

In de oven van de nabij gelegen steenbakkerij Ciglara werd geëxperimenteerd met het verbranden van de lijken. Begin januari 1942, toen de Ustasa officier Ivica Matkovic het bevel voerde over het kamp, werd ingenieur Picili belast om de ovens van de steenbakkerij om te bouwen naar een crematorium. Die steenbakkersoven was in feite een tunnel en verdeelde de grootste oven in verscheidene compartimenten die allen evenwel dezelfde schoorsteen hadden. Elke oven kon een wagonlading mensen, zowat 40 tot 50 personen of dubbel zoveel kinderen, tegelijk 'verwerken'. In dit geïmproviseerde crematorium van de Ustasa konden per nacht 450 tot 600 mensen worden verbrand.

De slachtoffers, mannen, vrouwen en kinderen, werden gewoonlijk tegen het vallen van de avond tot vlakbij de steenbakkersoven samengedreven. Wanneer de nacht viel omringden de Ustasa de weerloze groep mensen en hakten en sloegen op hen in met messen, bijlen en revolvers tot er niemand meer bewoog. Vervolgens werden de lijken (waarvan sommigen nog leefden) door de zogeheten poetscolonne en de verbrandingsploeg in de verschillende ovens geworpen en verbrand.

Afgeladen wagons met afgeslachte kinderen met overgesneden kelen reden onophoudelijk af en aan. De stank van verbrand mensenvlees bereikte spoedig de omliggende dorpen en lokte bij de omwonende dorpelingen hevig protest uit tegen deze barbaarse methoden. Uiteindelijk zag de Ustasa in mei 1942 af van verbranding van lijken en sloot de beruchte pottenbakkersoven van Ciglara. Van dan af werden de lijken niet meer in het kamp zelf begraven maar verder weg in Gradina en Ustice.

De geruchten van de beestigheden die in het gruwelkamp van Jasenovac plaatsvonden hadden ook Berlijn bereikt. De partizanen van Tito, die uiteraard op de hoogte waren van de genocide die zich onder hun ogen afspeelde, hadden hun activiteiten met succes verhoogd en brachten door voortdurende aanvallen verschillende SS-eenheden in grote moeilijkheden. Eind 1942 werd de Ustasa door de nazi's gedwongen om hun massale slachtingen op te schorte. Dat deden zij niet uit menslievendheid voor de slachtoffers, maar om te trachten een einde te maken aan de protesten en opstanden, die volgens de nazi's veroorzaakt werden door de openbare executies en de vele gruweldaden die door de Ustasa werden gepleegd. Een Duitse officier bezocht Jasenovac en kloeg openlijk de gruwelijkheden van de Ustasa aan. Hij eiste prompt van de kampcommandant een meer humanere behandeling van de slachtoffers(!)

Ook en vooral werden kinderen niet gespaard van deze beestigheden. Zo wond Dionizije Juricevic, katholiek priester en Ustasa kopstuk in de speciale Afdeling voor Godsdienst van Ante Pavelic en Anrdija Artukovic, er geen doekjes om: "In dit land kunnen alleen maar Kroaten leven en wie zich niet laat omdopen, zal het duur te staan komen. Vandaag de dag is het absoluut geen zonde een klein kind dat de Ustasa-beweging in de weg staat, om te brengen. Ik als priester zal zelf een machinegeweer hanteren om elke tegenstander van de Ustasa-staat en zijn regering uit te roeien, ook de zuigelingen."

Op 12 juli 1942 richtte de Ustasa Staat drie concentratiekampen voor kinderen op. Deze zogeheten heropvoedingskampen bevonden zich in Gornja Rijeka nabij Krizevci, een ander in Jastrebarsko en het grootste in Sisak. De katolieke kerk tolereerde stilzwijgend de moord op de Servische kinderen. In het kinderconcentratiekamp van Gornja Rijeka werden 400 Servische kinderen vastgehouden waarvan ruim de helft het niet overleefde. In het kamp van van Jastrebarsko werden 3200 kinderen opgesloten waarvan ruim 400 omkwamen. Het grootste kinderconcentratiekamp was in Sisak waar meer dan 6600 kinderen in de erbarmelijkste omstandigheden verkommerden van wie 1600 kinderen stierven van honger en sadistische mishandelingen.

Marijana Amulic, een gevangene uit het vrouwenkamp van Stara Gradiska, legde na de oorlog getuigenis af over de moord op Servische kinderen: "De kinderen lagen er hulpeloos bij, ze waren zelfs te verzwakt om nog te kunnen huilen. Een 20 tal vrouwelijke gevangenen, al even hulpeloos en verzwakt als de kinderen, hadden zich over hen ontfermd. Op een bepaald ogenblik werden we bevolen om alle zieke kinderen over te brengen naar de zolderkamers van de beruchte toren. Ante Vrban, de kampcommandant van Stara Gradiska, liet vervolgens gifgas in de afgesloten kamers lopen. Daarna volgde er een beklemmende stilte in het kamp, alsof het leven zelf zich volledig had uitgeschakeld."

Ook in het kamp van Jasenovac werden kinderen opgesloten en naar schatting tussen de 7.000 en de 10.000 vermoord. Dragoje Lukic, een overlevende van deze kampen, zal hierover later getuigen op het naoorlogse Jasenovac proces: "Voor zover bekend, waren deze concentratiekampen de enige in gans West-Europa die speciaal voor kinderen werden opgericht, en misschien wel uniek in de ganse wereld."