Na de dood van Tito in 1986 wordt Joegoslavië geleid door dictator Slobodan Milosevic (º1941) die origineel afkomstig was uit Montenegro. Als communist van de oude stempelstreefde Milosevic een Groot-Servië na. Door het uiteenvallen van de voormalige Sovjet-Unie staken nagenoeg in alle deelstaten onafhankelijkheidsbewegingen de kop op en braken er overal onlusten uit die snel regelrecht naar een burgeroorlog leidden. Ook in Kroatië braken rellen uit.

In april 1990 vonden in Kroatië verkiezingen plaats en werd de Kroatische Democratische Unie (HDZ) van Franjo Tudjman de grootste partij. Tudjman werd op 30 mei 1990 president van Kroatië en Stipe Mesic werd zijn Eerste Minister. Kort daarop brak in de zomer van 1990 in de Krajna een gewapend conflict uit waar een Servische meerderheid woonde. Kroatische Serviërs namen de macht over, gesteund door het federale leger en Milosevic.

In mei 1991 hield Tudjman een volksreferendum waar het overgrote deel van de Kroaten zich uitsprak voor onafhankelijkheid. Op 25 juni 1991 riep Kroatië de onafhankelijkheid uit. In Kroatië woonden overal Servische minderheden en in de zes maanden die volgden braken als gevolg van die onafhankelijkheidsverklaring overal hevige gevechten uit. Vooral in Oost-Slavonië, in de Krajna en ten noorden van Osijek worden hevige gevechten geleverd. Aan beide zijden worden de grootste gruwelijkheden begaan, waarvan de Servische slachtingen in Vukovar en ook in Bosnië-Herzegovina en Kosovo de hele wereld schokten. In december 1991 luwt de strijd na bemiddeling van de Europese Unie.

Onder zware druk van Duitsland, dat sinds 3 oktober 1990 herenigd werd met buurland de voormalige DDR (Oost-Duitsland) dat als eerste land de onafhankelijkheid van Kroatië zal erkennen en korte tijd later als 2de land gevolgd door het Vaticaan(!), wordt de Europese Unie in januari 1992 gedwongen de staat Kroatië te erkennen. Opmerkelijk is dat Israël tot op heden weigert Kroatië te erkennen "omdat daar fascisten en antisemieten aan de macht zijn" In april 1992 volgde de erkenning door de Verenigde Staten en in mei werd Kroatië lid van de Verenigde Naties. Meteen wordt na de Kroatische onafhankelijkheid wordt de rehabilitatie van de Ustaša ingezet. In een aantal Kroatische steden worden straten naar bekende Ustaša genoemd of gewijzigd.

De onafhankelijkheidsstrijd moest nog in volle hevigheid beginnen met het herstel van Groot-Kroatië van Ante Pavelic als einddoel. Kroatië weet zich andermaal gesteund door Duitsland. 'Dank U, Duitsland' was één van de meest gedraaide schlagers op de Kroatische radiozenders. In talrijke kroegen in Kroatië worden hernoemd naar de voormalige minister van Buitenlandse Zaken Genscher. Oorlogsmateriaal van Duitse origine wordt in het grootste geheim gretig aangenomen: bazooka's en onderhoudsmateriaal, verplegingsgerief uit de voorraden van het leger van de Bundesrepubliek en oorlogsmateriaal van het 'Nationale Volksleger' uit de DDR.

In de Duitse media, zoals bv in de Frankfurter Allgemeine Zeitung, wordt openlijk gesproken over de noodzaak van een 'Duitse herstelinterventie', wellicht om de militaire mislukkingen van Adolf Hitler te 'herstellen'. Foto's van massamoorden op Kroaten door de Serviërs -door onder meer het beruchte doodseskader van de Tijger- Brigade van Arkan- worden in de Duitse pers foutief voorgesteld als zijnde slachtoffers van Servische pogroms.

In 1993 wist het Kroatische leger een deel van de Krajna op de Serviërs te heroveren en de Servische minderheden rond Zadar te verdrijven. In mei 1995 werd een deel van de Banija ten oosten van Zagreb ingenomen.In augustus 1995 begon het Kroatische leger, met de stilzwijgende instemming van de Verenigde Staten en de Europese Unie, met de deportatie van zowat 400.000 Serviërs uit de door hen veroverde gebieden. Tot het 'voorlopige' einde in de Kroatisch-Servische oorlog kwam in december 1998 in Oost-Slavonië, met Vukovar als belangrijkste stad, toen dat opnieuw geannexeerd werd door Kroatië.

Tudjman overleed op 10 december 1999 en werd na nieuwe verkiezingen in januari 2000 opgevolgd door zijn voormalige Eerste Minister Stipe Mesic. Op 27 mei 1999 werd Miloševic' door het Internationaal Joegoslavië-tribunaal in Den Haag aangeklaagd wegens oorlogsmisdaden en misdaden tegen de menselijkheid. Op 1 april 2001 werd Slobodan Miloševic' in zijn villa in Dedinje, een wijk van Belgrado, gearresteerd en uitgeleverd aan Den Haag, waar op 12 mei 2002 zijn proces voor het Tribunaal van Den Haag wordt aangevat. Nog voor het tot een uitspraak valt, overlijd Miloševic op 11 maart 2006 ten gevolge van een hartinfarct.

In hoeverre Duitsland achter de demonisering van Servië en de Serven zit, laat zich raden... Al in 1993 eiste Klaus Kinkel, de voormalige chef van de Duitse Geheime Dienst en in 1991-92 nog minister van Justitie onder Genscher, de oprichting van Sondergerichtshöfe (uitzonderingsrechtbanken) om de Servische regering te berechten.

Op dit ogenblik telt de Republiek Kroatië met als hoofdstad Zagreb, 4,4 miljoen inwoners, waarvan 87,8% Rooms-Katholieken, 4,4% Christen-Orthodoxen (Serven) en 1,3% moslims (Bosniërs). Zowel de Krajna, Dalmatië en Slavonië lijken nu definitief tot Kroatië te behoren, dit uiteraard met de blik blijvend op Bosnië-Herzegovina gericht dat tijdens WO II tot Groot-Kroatië behoorde. Sinds de laatste parlementaire verkiezingen van 23 november 2003 blijft Stipe (Stjepan) Mesic de huidige president en Ivo Sanader (HDZ-Hrvatska Demokratska Zajednica-Kroatische Democratische Unie-partij) als Eerste Minister die het kabinet leidt. Kroatië is sinds 18 juni 2004 kandidaat-lid van de Europese Unie en maakt een reëele kans om binnen afzienbare tijd (vermoedelijk ergens tussen 2007 en 2010) ook daadwerkelijk EU-lidstaat te worden. 2009 werd naar voren geschoven als het moment waarop Kroatië zou kunnen toetreden.