Vele jaren later kreeg de volkerenmoord in Kroatië nog een diplomatiek staartje in wat later de Zaak Kurt Waldheim werd genoemd. Kurt Waldheim (1918 - 2007) werd in 1971 verkozen voor twee termijnen als Secretaris-Generaal van de Verenigde Naties. In 1986 stelde de voormalige Secr.-Gen. zich kandidaat voor de OVP (Österreichische Volkspartei) en werd op 8 juli 1986 verkozen tot Bondspresident van Oostenrijk. Hij bleef dat tot 8 juli 1992.

Echter, in de aanloop naar deze bondspresidentverkiezingen, raakte in februari 1986 bekend dat Waldheim in zijn kort daarvoor verschenen biografie 'Im Glaspalast der Weltpolitik' zijn rol tijdens de Tweede Wereldoorlog wel erg minimaliseerde. Zijn lidmaatschap van de SA (Sturmabteilungen) en zijn activiteiten als officier bij de Duitse Wehrmacht in Saloniki (G) van 1942 tot 1943 had hij wijselijk verzwegen. Volgens eigen zeggen zou hij aan het oostfront gewond zijn geraakt en de resterende oorlogsjaren in Oostenrijk hebben doorgebracht. Toen Kurt Waldheim met zijn oorlogsverleden door ondermeer het Joods Wereldcongres werd geconfronteerd, ontkende hij. Beroemd werd zijn uitspraak: "Ik heb in de oorlog niets anders gedaan als honderdduizenden andere Oostenrijkers, namelijk mijn plicht vervuld als soldaat."

In 1947, plaatste de communistische Joegoslavische regering onder President Tito, de vroegere partizanenleider die nog tegen de Ustasa en de Waffen-SS Divisie Handschar strijd had geleverd, op een vergadering van de Verenigde Naties Kurt Waldheim op de lijst van oorlogsmisdadigers wegens misdaden tegen de menselijkheid gepleegde tijdens de Tweede Wereldoorlog op de Servische bevolking.

Wat bleek? In 1942 was Eerste Luitenant Kurt Waldheim verbindingsofficier onder Generaal-majoor Friedrich Stahl (1889-1980), die commandant was van de 714de Infanterie Divisie van de Duitse Wehrmacht. In die periode was deze divisie rechtstreeks betrokken tijdens de "Operatie West-Bosnië" in de Kozara bergen in Kroatië, waar zich op dat ogenblik de meest verschrikkelijke misdaden en ethnische zuiveringen van de ganse Wereldoorlog in Servië op de Bosnische Serviërs, joden en zigeuners voltrokken.

De Kozara actie werd uitgevoerd door de Gevechtseenheid West-Bosnië (Kampfgruppe West-Bosnien) onder het bevel van Generaal-Majoor Friedrich Stahl, commandant van de 714de Infanterie Divisie, die zijn gevechtseenheden vormde rondom drie Duitse infanteriebataljons die de steun kregen van het artilleriegeschut van twee Kroatische berg brigades, de 1ste en de 2de Kroatische Berg Brigade in juni 1942. De ganse Servisch Orthodoxe bevolking van de streek rond Potkozarje werd uitgemoord en ethnisch gezuiverd.

Generaal-Majoor Friedrich Stahl noteerde in zijn verslag van 18 juni 1942: "Vandaag is aan de speciale actie van de gevechtsgroep West-Bosnië in het gebied van Kozara en Prosara een einde gekomen. De gehele bevolking van dit gebied werd elders gehuisvest waarna een grondige zuiveringsactie werd uitgevoerd. Meer dan 140 Servisch-Orthodoxe dorpen werden ontvolkt, schoongeveegd en etnisch gezuiverd. De Servische inwoners, mannen, vrouwen en kinderen werden overgebracht naar de concentratiekampen in Jasenovac, Cerovljani, Mlaka, Jablana, Stara Gradiska, Novska, Prijedor, en Zemun. Ongeveer 68 600 Servisch-Orthodoxe burgers, waaronder 23 800 kinderen van de streek rond Kozara werden opgepakt en gedeporteerd naar concentratiekampen. De kinderen werden doorgestuurd naar Jasenovac, Jadovno, Loborgrad, Stara Gradiska, Djakovo, Kruscica, Tenje en Sajmiste, waar ze werden vermoord. Diegenen die het overleefden werden in weeshuizen geplaatst. De vrouwen die niet onmiddellijk werden geliquideerd werden afgevoerd naar dwangarbeidskampen in nazi-Duitsland."

Nadat al deze feiten bekend werden, werd de verkiezingsstrijd een heel stuk agressiever. Waldheims aanhangers spraken van een lastercampagne. De ÖVP reageerde hierop bij monde van haar secretaris-generaal Michael Graff met: "Zolang niet bewezen is dat hij eigenhandig zes Joden gewurgd heeft, is er niets aan de hand." Bij de eerste verkiezingsronde op 4 mei 1986 kreeg Kurt Waldheim met 49,6% van de stemmen een krappe meerderheid. De tweede ronde van 9 juni 1986 werd afgesloten met 53,9% voor Waldheim.

Zijn verkiezing had het aftreden van bondskanzelier Fred Sinowatz en Minister van Buitenlandse Zaken Leopold Gratz tot gevolg. Na de verkiezingen nam de opwinding rondom zijn persoon niet af. In de Verenigde Staten kwam Waldheim in 1987 op een "watch list". Dit betekende een inreisverbod voor hem als privépersoon. Ook verder bleef hij in Oostenrijk geïsoleerd. Alleen in het Vaticaan en het Verre Oosten bleef Kurt Waldheim een graaggeziene gast. Paus Johannes-Paulus II was erg goed bevriend met Kurt Waldheim en zag er helemaal geen graten in om Oostenrijk in 1988 te bezoeken, net op het ogenblik dat de Zaak Kurt Waldheim de hele wereld beroerde(!)

De Oostenrijkse regering richtte een historische commissie op onder leiding van de Zwitser Hans Rudolf Kurz. Deze kon geen bewijs van oorlogsmisdaden leveren, maar stelde dat Waldheim meer wist dan hij wilde toegeven. Dit had een regeringscrisis tot gevolg. Waldheim en coalitiepartner ÖVP wilden het onderzoek niet accepteren. Uiteindelijk besloot de regering onder leiding van bondskanselier Franz Vranitzky het eindrapport "ter kennisgeving" aan te nemen en werd deze opzienbarende zaak zonder verdere rechtsvervolging voor Waldheim vertikaal weg geklasseerd.