De Handzar moest al van bij het begin grote moeilijkheden overwinnen. De eenheid was te groot om opgeleid te worden in Joegoslavië en diende uit te wijken naar Wildflecken bij Le Puy in Frankrijk. Er heerste een chronisch tekort aan goede officieren, elf compagnies hadden niet eens een commandant, er waren nauwelijks wapeninstructeurs aanwezig en de divisie had te weinig voertuigen en paarden om hun manschappen te vervoeren. Aanhoudende meningsgeschillen binnen de leiding leidden er toe dat al in augustus 1943 de leiding van het korps wordt vervangen door SS-Overführer Karl Gustav Sauberzweig, een officier die een zwakke gezondheid bezat en slechts één oog had.
Karl Gustav Sauberzweig werd de belangrijkste bevelhebber van de Bosnische Waffen-SS Divisies. Hij werd geboren op 1 september 1899 in Bromberg (West-Pruisen) en was een veteraan van de Eerste Wereldoorlog waar hij zijn loopbaan in het Duitse Keizerlijke leger beëindigde als luitenant. Tot aan 1943 commandeert hij verschillende eenheden in de Wehrmacht. In het begin van augustus 1943 werd hij overgeplaatst naar de Waffen SS in de rang van SS-Oberführer en nam het commando van de Handzar Divisie over van SS-Obersturmbannführer Herbert von Obwurzer (1888-1945).
De divisie die aanvankelijk in Frankrijk werd getraind, begon kort na zijn aankomst spoedig te muiten. De voormalige partizaan Ferid Dzanic die diende in het SS-Gebirgs Pionier Bataljon 13, was in contact gekomen met het Franse verzet, de Maquis, en organiseerde binnen zijn SS-eenheid een opstand. Hij riep de moslimsoldaten op om het partizanenleger van Tito te vervoegen. De Bosnische soldaten overvielen hun Duitse officieren die meteen werden geëxecuteerd. Wanneer Sauberzweig van de opstand hoorde sloeg hij hard en ongenadig toe en liet alle opstandige Bosnische moslims terechtstellen.
Desondanks laat hij de Handzar soldaten verder trainen en opleiden tijdens september/oktober in Silezië, later in Oostenrijk en eind 1943 werd de divisie overgeplaatst naar Neuhammer in Duitsland. Ondertussen bevorderd tot SS-Brigadeführer, zet Sauberzweig de Handzar Divisie in tegen de partizanen van Tito als onderdeel van het 2de Pantserleger, Heeresgruppe F in februari 1944. In maart 1944 komt de Handzar voor het eerst werkelijk in actie, ruim een jaar nadat ze werd opgericht. Met Operatie Wegweiser leveren de Handzar soldaten hevig slag tegen Tito's partizanen die zich in de bergen schuilhouden. De partizanen van de communist Tito leverden slag tegen de nazi's en de katholieke Ustasa van Ante Pavelic van Kroatië. Desertie was de grootste kwaal bij de Handschar, en dan vooral de overloop van deze Bosnische moslims naar de partizanen van Tito om vanuit die positie tegen de nazi's en de Ustasa te vechten.
Pas op 12 maart 1944 behalen ze een eerste bescheiden overwinning op de partizanen en werd de regio gedeeltelijk gezuiverd. Op 23 april 1944 tijdens Operatie Maibaum wordt de Handzar ingezet om Noordoost-Bosnië te zuiveren van partizanen. Bijna 1000 partizanen laten het leven en een honderdtal Bosnische soldaten. Tito slaat hard terug en gooit zijn gehele partizanenleger in de strijd. Na een reeks chaotische gevechten en wrede taferelen wordt met veel moeite de partizanenaanval afgeslagen. De Handzar laten 205 doden achter, 528 gewonden en 89 vermisten. Tito verliest in de daaropvolgende veldslagen opnieuw bijna 1000 partizanen en tijdens de laatste operaties ten westen van Drinjaca vallen nog eens 250 doden.
