Nadat de nazi's op 13 maart 1938 Oostenrijk hadden geannexeerd bij het Derde Rijk, volgde op 1 oktober 1938 de annexatie van het Sudetengebied en op 15 maart 1939 bezetten de Duitsers volledig Tsjechië en rukten het los van het toenmalige Tsjecho-Slowakije. Zij herdoopten het naar het Rijksprotectoraat Bohemen en Moravië. Enkele maanden na de inval in Rusland (22.06.1941: Operatie Barbarossa) wordt de gevreesde SS-Obergruppenführer Reinhard Heydrich op 29 september '41, naar het Rijksprotectoraat gezonden om er af te rekenen met het Tsjechische verzet.

Zijn aanpak is zo brutaal en gewelddadig dat dit hem spoedig de bijnaam 'De Slager van Praag' zal opleveren. Het verzet zal hard terugslaan en Heydrich zal op 4 juni 1942 bezwijken aan de verwondingen opgelopen na een aanslag. Die geslaagde actie zal dan weer leiden tot zware represailles waarbij ondermeer op 10 juni 1942 het Tsjechische dorpje Lidice totaal van de kaart werd geveegd.

Voor de oorlog leefden er ongeveer 118 000 joden in Tsjecho-Slowakije en na het begin van de oorlog tegen Rusland, waren de nazi's op zoek naar een locatie om er de Tsjechische joden bijeen te brengen, waarvan er dan een 90 000 in het land waren achtergebleven. Hun keuze viel op Theresienstadt (Terezin), dat een kleine vestingstad was gelegen in het huidige Tsjechië en meer bepaald in het Sudetengebied waar voor de oorlog veel Duitsers woonden.

Theresienstadt bestond uit een Grote Vesting, gebouwd tussen 1780 en 1790 als garnizoenstad en 3 kilometer verderop een Kleine Vesting, die door de Gestapo als gevangenis werd gebruikt. Met de ombouw naar een getto werd vanaf november 1941 een aanvang gemaakt. De 6 000 oorspronkelijke bewoners moesten opkrassen en de deportatie van de Tsjechische joden kon beginnen.

Tegen eind 1941 waren reeds 7 350 joden erin ondergebracht. Aanvankelijk zou het getto als speciaal getto voor joodse bejaarden worden ingericht maar dat zou spoedig veranderen. De drie op elkaar volgende SS-kampcommandanten waren net zoals Adolf Eichmann allemaal Oostenrijkers. SS-Obersturmführer Dr. Siegfried Seidl (º1911) werd de eerste kampcommandant en zal tot juli 1943 het kamp leiden. Waarna hij werd opgevolgd door Anton Burger en die op op 8 februari 1944 werd opgevolgd door Karl Rahm.