In de antisemitische en antimaçonnieke golf die toen aan het einde van de negentiende eeuw Europa en Frankrijk in de greep hield en waar Léo Taxil en het Vaticaan een belangrijke aanstichterrol in speelden, deed een ander schandaal enorm veel stof opwaaien, en zette Frankrijk vele jaren op stelten: de Affaire Dreyfus. In een ongelooflijk web van intriges, vervalste documenten en verklaringen, meineed, verduisteren van bewijzen, politieke manipulaties op het hoogste niveau en in de militaire top van het land, werden zowat alle Fransen beroerd door deze stinkende affaire. Het is ondermeer door de Dreyfus-affaire dat in dit anti-semitisch klimaat aan het einde van de negentiende eeuw Theodor Herzl zijn boek Der Judenstaat uitbracht en het Zionisme ontstaat dat later tot de oprichting van Palestina en nog later tot de onafhankelijkheid van Israël zal leiden.
In de zomer van 1894 werd Frankrijk opgeschrikt door een spionagezaak waar hoge officieren in betrokken waren. Een Franse officier, Marie-Charles-Ferdinand Walsin-Esterhazy, majoor van het 74e Infanterieregiment, speelde militaire informatie door aan de Duitse militaire attaché luitenant-kolonel Max von Schwartzkoppen. De inlichtingendienst komt in de herfst de zaak op het spoor. Er wordt een dader gezocht en gevonden in de persoon van de joodse legerkapitein Alfred Dreyfus.
Alfred Dreyfus werd op 9 oktober 1859 te Mulhouse geboren in een welgestelde Joodse familie. Na de nederlaag van Frankrijk tegen Pruisen in 1871 en de daarop volgende annexatie van de Elzas kiest de familie Dreyfus uitdrukkelijk voor Frankrijk. Dreyfus neemt dienst in het Franse leger, wordt officier in de artillerie en is vanaf 1892 als kapitein verbonden aan de Generale Staf. Dreyfus is daarmee de enige jood die dergelijke hoge positie bekleedde en dat tot grote ergernis van vele officieren en politiekers die in het antisemitische klimaat van toen de wilde verhalen van Léo Taxil over judeo-maçonnieke samenzweringen slikten als zoete koek.
Op 15 oktober 1894 wordt kapitein Dreyfus gearresteerd en na een aantal valse getuigenissen en verklaringen op 22 december 1894 veroordeeld tot degradatie en levenslange ballingschap op het Ile du Diable (Duivelseiland), een klein eilandje dat vlak voor de kust van Frans Guyana ligt en van waaruit maar weinig levend terugkeren. In de film uit 1973 Papillon, de bijnaam van de Franse schrijver Henri Charrière hier gespeeld door Steve McQueen, wordt op indringende wijze het waargebeurde verhaal geschetst over het gruwelijke gevangenisregime dat in die gevangenis op Il du Diable heerste, toen Charrière er werd vastgehouden tussen 1933 en 1944. Deze beruchte strafkolonie werd pas in 1946 gesloten.
Uiteraard ontkende Dreyfus alle hem ten laste gelegde feiten. Op 15 april 1895 wordt Dreyfus vastgezet op het eiland en zal pas vier jaar later in 1899 weer vrijkomen. Ondertussen loopt de intrige verder en wordt de zaak heropend, als ze al ooit afgesloten was. Op 13 januari 1898 wordt de open brief aan de Franse president van Emile Zola onder de kop J'Accuse! in de periodiek Aurore gepubliceerd. Zola wordt beschuldigt van verraad en smaad en vlucht naar Engeland waarna het Hof van Assisen van Versailles hem bij verstek veroordeelt.
De getuigenissen tegen Dreyfus worden één na één weerlegd en stilaan de ware dader, -Esterhazy- ontmaskerd. Esterhazy hield erg veel van gokken en verkeerde daardoor in permanente geldnood. Door allerlei oplichterijen probeerde hij zijn schuldeisers van zich af te houden. Bovendien was hij er niet vies van om zijn diensten aan te bieden tegen betaling aan een ieder die daartoe bereid was. Zo schreef hij artikelen voor het antisemitische schendblad La Libre Parole. Tot hij vanaf 1894 militaire informatie tegen betaling verkocht aan de Duitsers.
Op 3 juni 1899 vernietigt het Hof van Cassatie de veroordeling van kapitein Dreyfus en verwijst zijn zaak terug naar de Krijgsraad te Rennes. Op 9 juni mag Dreyfus Duivelseiland verlaten aan boord van de kruiser Sfax en zet op 30 juni na vier jaar gevangenschap eindelijk weer voet aan land in Frankrijk en wordt in afwachting van een nieuw proces overgebracht naar de militaire gevangenis van Rennes overgebracht. Op 7 augustus start het tweede proces tegen Dreyfus voor de krijgsraad van Rennes. Kapitein Dreyfus wordt andermaal veroordeeld en krijgt een straf tot 10 jaar vestingstraf met aftrek wegens verzachtende omstandigheden maar verkrijgt op 19 september gratie.
Op 5 maart 1904 wordt een revisieonderzoek gestart naar de affaire Dreyfus. Pas twee jaar later -12 juli 1906- vernietigt het Hof van Cassatie het vonnis van de krijgsraad in Rennes en wordt kapitein Dreyfus volledig vrijgepleit aan alle feiten en wordt volledig gerehabiliteerd. Dreyfus wordt met de rang van majoor weer in de dienst opgenomen. Op 20 juli 1906 wordt Dreyfus onderscheiden als Ridder van het Legioen van Eer.
Emile Zola die veroordeeld was voor het uitbrengen van het verhaal van de vele intriges en verraad in de hoogste regionen en later weer in eer werd hersteld, overleed in september 1902 ten gevolge van een koolmonoxide vergiftiging. Zijn stoffelijke resten werden op 6 juni 1908 bijgezet in het Pantheon. Die dag overleeft Dreyfus een aanslag op zijn leven door Grégori die hem verwondde met twee schoten. Bij het uitbreken van de Eerste Wereldoorlog neemt Dreyfus -die inmiddels gepensioneerd militair was- op eigen verzoek weer dienst in het Franse leger en organiseert de verdediging van Parijs. Op 11 juli 1935 sterft luitenant-kolonel buiten dienst Alfred Dreyfus.