In de zomer van 1944 startte de SS met het uitwissen van alle sporen die konden wijzen naar de genocide. Op 23 juli 1944 was het vernietigingskamp van Majdanek bevrijd door het oprukkende Sovjet leger. Tot grote woede en frustratie van Berlijn, was Majdanek nagenoeg intact in handen van de geallieerden gevallen en dat mocht niet meer gebeuren. Zij ruimden lastige getuigen uit de weg zoals de leden van de Sonderkommando's, verscheurden en verbrandden compromitterende dokumenten en gaven het bevel om de lijken die begraven waren terug op te graven en te verbranden in de crematoria. Alle benen en botten werden zorgvuldig verzameld en verbrand, en het ganse terrein opnieuw beplant met groen en bomen.
Op 26 november 1944 beveelt Heinrich Himmler de ontmanteling van de crematoriums. Op 17 en 18 januari 1945 wachtte 60.000 overlevende gevangenen van Auschwitz hun laatste beproeving. Zij worden door de SS gedwongen om een lange 'dodenmars' richting Westen af te leggen waarvan meer dan 10.000 het niet zullen overleven.
Op 20 januari 1945 dynamiteerde de SS Crematoria II en III. Crematorium IV, was al eerder ontmanteld nadat het gedeeltelijk vernield werd door een opstand van het Sonderkommando midden oktober 1944. In Crematorium V bleef de SS executies uitvoeren. Er werden nog mensen vergast en verbrand tot nauwelijks een dag voordat het bevrijd werd door de Sovjet soldaten. Op 26 januari 1945 laat de SS het laatste crematorium met dynamiet vernietigen, in de hoop zo alle sporen naar de genocide te kunnen uitwissen.
Op 27 januari 1945 bereikten soldaten van het Rode Leger KZ Auschwitz-Birkenau. De depots waar alle goederen van hun slachtoffers massaal lagen opgestapeld, had de SS niet meer kunnen opruimen. Daar vonden de bevrijders bewijzen voor de massamoord, onder andere reusachtige bergen met kleding, schoenen, kunstledematen, brillen, potten en pannen en bergen mensenhaar. De ruïnen van de gedynamiteerde gebouwen trokken onmiddellijk de aandacht van de onderzoekscommissies. Leden van het Sovjet en het Poolse onderzoekscomié verhoorden getuigen en daders om erachter te komen wat zich in Auschwitz had afgespeeld. Niet verbrande dokumenten en dossiers werden bestudeerd.
In februari 1945, zelfs nadat het kamp bevrijd werd door de Russen, koesterde de SS nog steeds het plan om het Birkenau vernietigingskamp opnieuw op te bouwen in Oostenrijk. Het oorlogseinde naderde echter snel en het werd ook de SS duidelijk dat de kans op slagen maar erg klein leek. Desalniettemin werd dit plan door de ingenieurs van Topf & Zonen ondersteund tot het bittere einde. Prüfer over zijn laatste bezoek aan Auschwitz: "in september-oktober 1944 bezocht ik Auschwitz een vijfde keer omwille van de geplande verplaatsing [van Auschwitz] van de crematoriums, dit omdat het front alsmaar dichterbij kwam. De crematoriums werden niet verplaatst, want er waren niet voldoende werklieden."
De balans was verschrikkelijk. Minstens 1.1 miljoen mensen kwamen om in Auschwitz. Belangrijkste doodsoorzaak was de directe vergassing na aankomst, executie door kogels, en de vreselijke leefomstandigheden in het kamp. Meer dan 960.000 joden uit gans Europa, ongeveer 75.000 Polen, 21.000 Sinti en Roma zigeuners, 15.000 Sovjet-Russische krijgsgevangenen en nog eens 15.000 gevangenen van alle nationaliteiten werden hier vermoord.
