Het Sovjetcomité dat belast werd met het onderzoek naar de oorlogsmisdaden, beëindigde haar werkzaamheden en bracht verslag uit begin mei 1945. Als vertegenwoordiger van het bedrijf Topf & Zonen, stond hoofdingenieur Kurt Prüfer hoog op de lijst van gezochte personen. Zoals het de gewoonte was plaatste het bedrijf altijd naamplaatjes met hun fabriekslogo op de ovens en crematoria. Na de bevrijding van het concentratiekamp Buchenwald op 11 april 1945 door de Amerikanen, kwam het Amerikaanse onderzoeksteam al spoedig terecht bij het bedrijf Topf & en Zonen uit Erfurt.
Nadat Topf & Zonen in opspraak werd gebracht door de Amerikanen, reageerde het management van Topf & Zonen meteen. Ludwig Topf organizeerde op 27 april 1945 een meeting met de arbeidsraad van het bedrijf om een standaard antwoord te bedenken voor het geval er lastige vragen werden gesteld over de zakelijke transacties tussen het bedrijf en de SS met hun concentratiekampen. Hij verklaarde dat de zakelijke relatie met de SS een doodgewone zaak was en dat het bedrijf aan de concentratiekampen slechts gewone crematie ovens had geleverd. Voor het overige waren er enkel bevelen die moesten opgevolgd worden, zij hadden zelfs bijgedragen aan het escaleren van bepaalde toestanden zoals bijvoorbeeld het voorkomen van epidemieën.
De arbeidsraad deelde de mening van hun directeur en werden niet verder verontrust. Eind november 1945 verscheen zelfs het patent van ingenieur Kurt Sander over 'de toepassing van een verbrandingsoven voor massaal gebruik' op de lijst van patenten van het Turingse Administratiekantoor van Erfurt.
Hoofingenieur Kurt Prüfer werd op vraag van het Amerikaanse onderzoeksteam op 30 mei 1945 gearresteerd. Door de arrestatie van zijn hoofdingenieur begon Ludwig Topf zelf te vrezen dat hij opgepakt zou worden. Diezelfde avond pleegde Ludwig Topf zelfmoord. In zijn afscheidsbrief pleitte hij zichzelf volledig vrij en dt hij zich helemaal niets te verwijten had. Tegelijkertijd onterfde hij zijn broer Ernst-Wolfgang en zijn zuster Hanna, die volgens zijn zeggen hem in deze moelijke periode van het bedrijf in de steek hadden gelaten. In de morgen van 31 mei 1945 vonden bedienden het levenloze lichaam van de 41-jarige directeur Ludwig Topf in zijn kantoor. Hij had zelfmoord gepleegd door vergif te slikken. Twee weken later werd hoofdingenieur Kurt Prüfer alweer vrijgelaten. De uitleg van het management van Topf & Zonen en de zelfmoord van hun directeur Ludwig Topf voldeed op dat ogenblik blijkbaar aan de strafintenties van de Amerikanen
In juli 1945 werd de Duitse deelstaat Türingen, waar Erfurt gelegen was, bezettingsgebied van de Sovjets. De Sovjets hervatten het onderzoek naar Topf & en Zonen en arresteerde in maart 1946 vier leidinggevende bedienden van het bedrijf: Kurt Prüfer, Gustav Braun, Fritz Sander en Karl Schultze. Prüfer, wiens sleutelpositie in de creatie van de doodsfabrieken al sinds mei 1945 bekend was bij het Sovjet onderzoeksteam, werd opnieuw ondervraagd in Berlijn en in Moskou. Prüfer werd geconfronteerd met bezwarende getuigenissen van voormalige gevangenen en dokumenten die in Auschwitz werden gevonden. Prüfer ontkende niets maar had ook helemaal geen schuldgevoelens.
Ondervraagd in de gevangenis door Sowjetautoriteiten in maart 1946 waarom hij dit werk deed, antwoordde de ingenieur: "Ik had een contract getekend bij de firma Topf en ik was er mij van bewust dat mijn werk van groot belang was voor de nationaal-socialistische staat. Ik wist dat als ik weigerde mijn werk voort te zetten, ik zou geliquideerd worden door de Gestapo."
Een andere ingenieur van Topf, Fritz Sander, die door de Sowjets werd opgepakt en verhoord, antwoordde op de vraag waarom hij tijdens de oorlogsjaren aan de verbetering van de verbrandingsovens had gewerkt: "Ik was een Duitse ingenieur en een sleutelfiguur binnen het Topf bedrijf. Ik zag het als mijn plicht om mijn speciale kennis in dienst te stellen van het Rijk zodat Duitsland de oorlog kon winnen, net zoals een vliegtuigbouwkundig ingenieur oorlogsvliegtuigen fabriceerde tijdens de oorlog, die eveneens ontworpen waren om mensen te doden."
In 1948 werd Kurt Prüfer veroordeeld tot 25 jaar opsluiting in een strafkolonie in Siberië, op beschuldiging van "Verbrechen an der Zivilbevölkerung und gefangenen Rotarmisten" (misdaden tegen burgers en krijgsgevangenen van het Rode Leger). Volgens officiële Sovjetbronnen stierf Prüfer in oktober 1952 tengevolge van een hartaanval. Ook de drie andere ingenieurs kregen 25 jaar opsluiting. Ingenieur Fritz Sander was enkele weken na zijn arrestatie gestorven aan een hartinfarct. De ingenieurs Gustav Braun en Karl Schultze werden opgesloten in de Goelaggevangenissen en pas in 1955 weer vrijgelaten.
