Ernst-Wolfgang Topf die na de oorlog naar het Westen was gevlucht, kreeg van de Sovjets geen toestemming om terug te keren naar Erfurt. Hij richtte in Wiesbaden in 1949 het bedrijf opnieuw op en vroeg -alsof er nooit iets gebeurd was- onder dezelfde naam, J.A. Topf & Zonen, andermaal het patent op crematieovens aan, dat hem in 1953 door de toemalige Duitse Bondsrepubliek (West-Duitsland) werd toegekend.
Maar Ernst-Wolfgang Topf’s verleden zal hem blijven achtervolgen. In 1957 brengt de journalist Reimund Schnabel zijn boek uit "Macht ohne Moral. Eine Dokumentation über die SS" (Macht zonder Moraal. Dokumentatie over de SS). Dat bevatte gedrukte kopies van twee originele dokumenten van Topf & Zonen die de zakelijke transacties aantoonden van het bedrijf met de SS. Ernst-Wolfgang Topf antwoordde onmiddellijk met een uitvoerig verslag waarin hij de autenticiteit betwistte van de dokumenten en dat "in ons bedrijf, niemand schuldig was, noch moreel noch objectief. 'Macht zonder Moraal' zijn zondermeer nietszeggende woorden om mijn bedrijf en mijn ganse houding tijdens de twaalf jaar onder het Derde Rijk." Hij zal voor de rest van zijn leven koppig blijven volhouden dat de produkten van Topf & Zonen werden misbruikt op een wijze die niemand kon voorzien, en hield vast aan het idee van 'onschuldige ovens'.
Van bij het begin kent de opstart van het bedrijf onder Ernst-Wolfgang Topf ernstige problemen. De publicatie van de bezwarende dokumenten door Reimund Schnabel was slechts één van de factoren die aan de basis lagen van het falen om voldoende economische stabiliteit voor het bedrijf te krijgen. Ernst-Wolfgang Topf werd ook nooit vervolgd. Een proces voor het de-nazificatie tribunaal leidde nergens naar en ook een vooronderzoek door de openbare aanklager van Wiesbaden naar zijn betrokkenheid met moord, leverde niets op. Het bedrijf ging echter onherroepelijk bankroet in 1963. Ernst-Wolfgang Topf stierf in Brilon op 74-jarige leeftijd.
Het oorspronkelijke bedrijf in Erfurt werd na korte tijd gesloten te zijn geweest, opnieuw heropend in juni 1945. Topf & Zonen werd reeds toegestaan om haar activiteiten te hervatten en produceerde allerhande toestellen voor de voedingsindustrie. Nadat het Rode Leger in de zomer van 1945 aankwam, werden er veldkeukens en herstelde goederen verdeeld. Het bedrijf werd aangeduid als 'niet opgeëist' en aangeslagen in 1947. In de 50-ger jaren werd de constructie van crematoriumovens overgenomen door een staatsbedrijf (Volkseigener Betrieb, or VEB) in Zwickau.
De DDR (Oost-Duitsland) werd eveneens geconfronteerd met het oorlogsverleden van Topf & Zonen, thans 'VEB Erfurter Mälzerei- und Speicherbau' geheten, maar legde alle schuld bij haar voormalige kapitalistische eigenaars. Ondanks het feit dat de DDR op zich al een antifascistisch feit was, werd het bedrijfsverleden volledig genegeerd tot 1990. Het bedrijf ging uiteindelijk definitief over kop in 1996.
Alhoewel de inwoners van Erfurt als zowel leden van de Topf familie werden aangezocht om de voormalige fabrieksgebouwen te beschermen, als een concreet bewijs van de voorbije geschiedenis, trad spoedig het verval in. In de stad Erfurt leeft nog steeds duidelijk zichtbaar een grote onverschilligheid voor dit merkwaardige deel van hun geschiedenis. Pas einde 2003 werden de belangrijkste delen van de voormalige fabriek als monument beschermd omwille van haar grote historische belang voor Duitsland en de ganse mensheid.
