In de zomer van 1941 werden door de nazi's de sluiting en verzegeling van de logetempels bevolen. Dat was al veel eerder op 5 september 1940 voor Nederland het geval geweest. Blijkbaar aarzelde de MV in België nog wat. Waardevolle archieven en bezittingen werden in beslag genomen en de gebouwen van de vrijmetselarij werden korte tijd later in beslag genoemen en bezet door Duitse verenigingen en collaboratiegroepen bezet. Zo had de DeVlag van Jef François haar hoofdkwartier in de logetempel van de Lakensestraat. Op 20 augustus 1941 werd de vrijmetselarij door de bezettende overheid officieel ontbonden en werden haar bezittingen verbeurd verklaard. Een vereffenaar werd aangesteld, maar, o.m. door de tegenwerking of de passiviteit van de secretaris-generaal van het ministerie van Justitie de Foy kwam het niet tot de verkoop van de loge-eigendommen. Slechts een paar logedignitarissen werden opgepakt voor ondervraging en werden na korte tijd weer vrijgelaten.

Vanaf 1942 begonnen de moordaanslagen. Door het verzet, vooral door de communistisch geleide partizanen, werden vooraanstaande collaborateurs neergeschoten. De represailles, vooral vanwege de rexistische doodseskaders en de Zwarte Brigade onder leiding van Robert Verbelen, bleven niet uit. Ook vrijmetselaars werden er het slachtoffer van. De verkeerde overtuiging dat de leiders van de hoge-gradenvrijmetselarij ook de onzichtbare kopstukken waren van een zogenaamd goed georganiseerd machtsapparaat, kostte het leven aan de Soeverein Commandeur van de Opperraad van de Schotse Ritus en oud-burgemeester van St-Joost-Ten-Node Georges Pêtre (1874-1942) die op oudejaarsavond 1942 in Sint Joost-ten-Node met drie kogels werd vermoord. Zijn adjunct generaal Emile Lartigue (1868-1943) volgde op 20 januari 1943 en de Antwerpse schepen en hoge logedignitaris E. Sasse (1875-1943) werd op op 8 februari voor zijn woning doodgeschoten.

Bij het Grootoosten werden de oud-grootmeester advocaat Raoul Engel (1887-1944) op 21 februari 1943 te Elsene omgebracht door leden van DeVlag. Grootmeester en oud-minister Jules Hiernaux (1881-1944) werd op 24 juli 1944 te Charleroi doodgeschoten en de oud-minister en oud-gouverneur van Namen François Bovesse (1890-1944) werd op 1 februari 1944 het slachtoffer van een wraakactie. Nog vier andere logedignitarissen ondergingen hetzelfde lot. Zo werd de grootmeester van de Orde van Memphis-Misraím, Georges Delaives, werd door de nazi’s onthoofd.

Een zestigtal vrijmetselaars overleden in concentratiekampen en een paar honderd waren op één of andere wijze slachtoffer van het oorlogsgeweld. Dit was evenwel niet het gevolg van hun logelidmaatschap maar van hun deelname aan de achttiendaagse veldtocht of hun activiteiten binnen het verzet. In het concentratiekamp van Esterwegen stichtten in de winter van 1943-44 twintig broeders, waarvan er zestien hun gevangenschap niet zullen overleven, o.l.v. Luc Somerhausen de loge Liberté Chérie en in het krijgsgevangenkamp van Fischbeck werd een loge L’Obstinée opgericht. Ook in Londen en in New York vergaderden Belgische vrijmetselaars. In België zelf beperkte de werking zich tot geringe en informele contacten.

De dodenbalans voor de vrijmetselarij was triest. Na vier jaar oorlog waren minstens 108 vrijmetselaars omgekomen door moord, executie of ontbering. 65 logebroeders stierven als verzetsman of als politiek gevangene, 17 joodse logebroeders werden naar de concentratiekampen gedeporteerd, 11 vrijmetselaars werden door collaborateurs vermoord, 9 kwamen om tengevolge van militaire operaties zoals bv door bombardementen. 2 stierven in krijgsgevangenschap. Maar liefst 31 op 108 logebroeders droegen de 33ste graad.

De materiële schade was enorm. Vele logetempels waren geplunderd, hun bezittingen verkocht als antiquaria, hun archieven verbrand of naar Rusland getransporteerd, vele logetempels hadden ook geleden onder de bombardementen van de geallieerden en later onder de V-bommen, waarvan verschillende totaal verwoest bleken. Als schadevergoeding werden de loges na lang procederen uiteindelijk slechts één frank schadevergoeding toegekend. Een moeizame heropbouw kon beginnen.

Vanaf eind 1942 viel de Liga helemaal uit elkaar en zochten de voormalige kopstukken andere wegen. Desbonnet werd in maart 1943 wegens diefstal en fraude voor vijf maanden opgesloten en sloot zich na zijn vrijlating aan bij de Waffen SS. Jean Flament sloot zich in mei 1943 aan bij de Organisation Todt, de Duitse genie-eenheid die verantwoordelijk was voor het bouwen van bruggen, bunkers en versterkingen. Derouane trad in januari 1944 toe tot de Feldgendarmerie waar hij zijn tijd als Zivilfahnder sleet. De Harting kwam bij de Duitse contraspionage terecht. Tailleur zou de Gestapo bij de arrestatie van joden hebben geholpen. In mei 1943 bestond het bestuur van de Liga nog maar uit twee personen, Paul Ouwerx inbegrepen. Tegen de bevrijding in september 1944 bestond de Liga nog enkel op papier.

In de naoorlogse processen werden negen beklaagden beticht van hun anti-maçonnieke acties. Paul Ouwerx beweerde opeens geheugenverlies te hebben en kon zich met de beste wil van de wereld niets meer over de voorbije jaren herinneren. Ouwerx stierf in maart 1945 in de gevangenis van Sint Gillis. Jean Flament bleef voortvluchtig. Hij werd in oktober 1947 door de krijgsraad bij verstek veroordeeld tot de doodstraf en een half miljoen frank boete. Hij stierf kort na de uitspraak in een Berlijns ziekenhuis.

De Harting bleek spoorloos verdwenen en werd nooit gevat. Ook Desbonnet, die aanvankelijk stiekem als toeschouwer in de rechtszaal had plaats genomen, werd herkend en verdween eveneens spoorloos zonder dat hij ooit nog gegrepen kon worden. De Thysebaert kreeg 1 jaar celstraf, Ponet kreeg twee jaar gevangenisstraf en 25.000 frank boete, Nelis kreeg vijf jaar, Tailleur zeven jaar en Derouane tien jaar gevangenisstraf. De zeven veroordeelde leden moesten eveneens een symbolische frank schadevergoeding betalen aan de loges aan wie zij zoveel kwaad hadden gedaan. Al bij al erg milde vonnissen temeer daar door de Openbare aanklager voor de doodstraf werd gepleit.