In 1933 hielp Maarschalk von Hindenburg Adolf Hitler in het zadel, die als Rijkskanselier von Papen opvolgde. Wanneer von Hindenburg in 1934 komt te verlijden zal Hitler beide functies -Rijkskanselier en President- verenigen in het Führerbegrip.

Op het ogenblik van de machtsovername door Hitler, bestonden er in Duitsland 9 Grootloges die verdeeld waren onder 638 loges die samen ongeveer 79.000 logebroeders telde. In 1933 verklaarde Hermann Göring dat er in de nationaal-socialistische geen plaats is voor de vrijmetselarij : "daß in einem nationalsozialistischen Staat kein Platz für Freimaurerei sei." De nationaalsocialisten kondigden aan dat de begrippen Vrijmetselarij en Loge verboden werden en dat al hun bezittingen zouden worden aangeslagen. Rituelen die zich op het Oude Testament beroepten, waren voortaan uitgesloten.

De Duitse Vrijmetselarij had niet zo lang op die beslissing gewacht en al van bij het aantreden van Hitler zichzelf in 1933 ontbonden. Enkel de Grootloge van Pruisen wachtte nog wat af. Zij had zich omgedoopt in Deutsch-Christlicher Orden en hoopte daarmee het verbod te omzeilen. Zij verweten de andere Obedienties dat zij teveel joden hadden opgenomen in hun loges en zij daardoor het krediet hadden verspeeld bij de nationaal-socialisten. De Pruisische Grootloge bepaalde dat hun loges geen vrijmetselarij meer was en dat enkel reine Duitsers nog lid konden worden van hun Orde. In feite had de loge de facto opgehouden met bestaan vanaf het ogenblik dat ze zich geen vrijmetselaars meer noemden [sic]. Tegen juli 1935 was deze Orde dan ook nagenoeg leeggebloed.

In 1934 besliste de nationaal-socialistische partij om iedereen uit de NSDAP-partij te sluiten die ooit lid van een vrijmetselaarsloge was geweest. De campagne tegen de vrijmetselarij werd over gans Duitsland ingezet. Wie protesteerde werd onverbiddelijk naar de kampen gezonden. Zo werden bv. in 1935 de Grootmeesters van de loges van de Hamburgse 'Loge Absolomon' en van de Grootloge 'Drei Weltkugeln' en hun resp. echtgenotes voor negen maanden in een concentratiekamp opgesloten. Tempels van de logebroeders werden bekogeld en de inboedel kort en klein geslagen door de SA-troepen van de inmiddels door de SS tijdens de zgn. Nacht van de Lange Messen geliquideerde Ernst Röhm. Hierdoor werd het de vrijmetselarij nagenoeg onmogelijk gemaakt om nog bijeenkomsten te houden.

In mei 1935 intervenieert de President van de Rijksbank Hjalmar Schacht (1877-1970), de enige vrijmetselaar in de NS-regering, vruchteloos bij Hitler om een algemeen verbod op de vrijmetselarij tegen te houden. Schacht zag zich in 1937 gedwongen om af te treden maar bleef toch nog tot 1943 in het Hitlerkabinet zetelen als Minister zonder Portefeuille. In juli 1944 onderhield Schacht contacten met het verzet die resulteerden in de mislukte aanslag van 20 juli 1944 op Adolf Hitler. Hjalmar Schacht werd opgepakt en sleet zijn laatste oorlogsjaren in de concentratiekampen van Ravensbrück en Flossenbürg. Na de oorlog werd hij één van de weinige nazi-kopstukken die tijdens het Proces van Neurenberg werd vrijgesproken.

Op 8 augustus 1935 werd officieel de sluiting van alle vrijmetselaarsloges afgekondigd. De nazi's beschuldigden de vrijmetselarij ervan de aanstoker te zijn geweest van de Eerste Wereldoorlog en achter de aanslag op Frans Ferdinand, troonopvolger van Oostenrijk-Hongarije en zijn vrouw Sophie Chotek, te Sarajevo (Bosnië) te hebben gezeten. Die aanslag werd gepleegd door de pro-Servische nationalist en Bosnisch-Servische student Gavrilo Princip en markeerde het begin van de Eerste Wereldoorlog.

De Minister van Binnenlandse Zaken kondigde de confiscering van alle loge eigendommen. De tempels van de vrijmetselarij werden afgebroken en de inrichtingen geplunderd. Alfred Rosenberg kreeg de opdracht om het beslag uit te voeren en te organiseren. De archieven van de loges, alsmede hun dikwijls eeuwenoude boeken en ritualen werden aangeslagen en opgeslagen in de magazijnen van het Reichssicherheitshauptamt (Rsha) te Berlijn. Zowat 80.000 loge-banden uit gans Duitsland werden naar Opper-Silesië gebracht waar ze tot op heden opgeslagen liggen in de Universiteitsbibliotheek van Posen (thans Poznan in Polen).

Na onbevestigde tellingen kan men zeggen dat van de ongeveer 80.000 vooroorlogse vrijmetselaars er tweeënzestig zijn omgekomen. Onder hen de politieker Julius Leber, de vakbondsleider Wilhelm Leuschner en de publicist Carl von Ossietzky, waarbij moet opgemerkt worden dat zij niet zozeer werden vermoord om hun vrijmetselarij, maar wel omdat zij zich op de eerste linie van het politieke toneel hadden geplaatst om alsdus het nationaal-socialisme te bestrijden.

De Duitse vrijmetselarij heeft de klappen van het nationaal-socialistische tijdperk maar moeizaam opgevangen. Ongeveer 80.000 Duitsers hadden zich voor de Tweede Wereldoorlog in de vrijmetselarij georganiseerd. Op dit ogenblik zijn het er ongeveer 13.500. Oorzaken voor deze toch wel opvallende terugval zouden samenhangen met de wel erg behoedzame ledenwinning en voorzichtige werving. De hedendaagse Duitse vrijmestelarij tracht meer openlijkheid aan de dag te leggen. Dat doen ze ondermeer door voordrachten over vrijmetselarij aan de Volkshogescholen te verzorgen, door o.m. open deur dagen te organiseren waar ze voor hen interessante persoonlijkheden trachten aan te spreken en te recruteren.

In het Duitsland van vandaag bestaat net zoals in de andere landen één reguliere Grootloge die op zich weer aangesloten is in Der Vereinigten Großlogen von Deutschland. Volgens hun eigen bronnen zijn er thans ongeveer 470 loges actief. Daarnaast bestaan er ook nog ongeveer 50 zogenaamde 'liberale' loges in Duitsland.