Wanneer tsaar Alexander III overleed, werd hij opgevolgd door tsaar Nikolaas II, de laatste tsaar van de Romanovs. Zijn taak was het om de chaos die zijn vader had achtergelaten op te ruimen en hij zal het er nog veel slechter afbrengen dan zijn voorganger en zijn beleid met de dood voor het executiepeloton zal bekopen. Tijdens zijn bewind was er grote onrust tussen 1903 en 1907 en werden de joden het slachtoffer van 284 pogroms die meer dan 50.000 slachtoffers maakten. Er stond geen maat op het geweld jegens de Russische joden.

De pogrom van Kishinev, een stad in het voormalige Bessarabië en sinds 1991 de hoofdstad van de onafhankelijke republiek Moldavië, was de eerste pogrom van de 20ste eeuw op de joden die plaatsvond op 6 en 7 april 1903. Pavel Krushevan (1860-1909), journalist, uitgever en ambtenaar aan de staat, was een extreemrechtse ultra-nationalist en tevens hevige antisemiet die zijn antisemitische standpunten openlijk ventileerde in de vele kranten waar hij aan meewerkte. Zijn artikels lagen direct aan de basis van de pogrom van Kishinev. Vier maanden na die pogrom zal Krushevan voor het eerst de Protocollen van de Wijzen van Sion in verschillende edities tussen augustus en september 1903 uitbrengen in de krant Znamya van Sint Petersburg, een uitgave van de Zwarte Honderd, een geheime extreemrechtse organisatie die trouw was aan de Tsaar (lees verder).

De Protocollen zijn een vervalst verhaal dat door de Russische geheime dienst de Ochrana een vroege voorloper van de KGB, werd in elkaar geflanst op basis van oude Franse teksten, die een fictieve geheime samenzwering van joden en vrijmetselaars onthulde om de macht over de wereld te verwerven. De Protocollen vinden tot op vandaag gretig aftrek bij neonazi's en in het Midden-Oosten. Grote fans van de Protocollen waren ondermeer Henry Ford, de oprichter van Ford Motor Company; uiteraard Adolf Hitler; de Egyptische president Gamal Abdel Nasser; koning Faisal van Saoudi Arabië en zovele anderen. De Protocollen worden nog steeds te koop aangeboden op Arabische internetsites en zelfs bij boekenwarenhuizen zoals Barnes and Noble alsook op amazon.com, en dat allemaal in naam van de vrije meningsuiting[sic].

De rellen begonnen na een incident dat plaats had op 6 februari 1903 (de Orthodoxe Christenen vierden toen hun Paasfeest) wanneer een christelijke Russische jongen, Michael Ribalenko, vermoord werd teruggevonden in Dubosary, op zowat 40 kilometer van de stad Kishinev. Alhoewel het van het begin af aan duidelijk was dat de jongen vermoord werd door een familielid (feit dat later werd bewezen), insinueerde Pavel Krushevan in de virulente antisemitische krant Bessarabetz, dat de moord door joden werd gepleegd. Een andere antisemitische krant rakelde de oude fabel van de Rituele Bloedmoord door joden op waarbij deze jongen zou zijn vermoord om zijn bloed te gebruiken voor de bereiding van matzos, het paasbrood van de joden.

Het lijd geen twijfel dat deze bloedige rellen zorgvuldig waren uitgekiend en georganiseerd door de autoriteiten, die daartoe werden aangezet door het Ministerie van Binnenlandse Zaken dat geleid werd door de beruchte Vjatislav von Plehve. DE enige actie die de politie ondernam om het moorden te voorkomen was het ontwapenen van joodse burgers die zich verenigd hadden in het verzet om zichzelf tegenover de aanstormende losgeslagen meute te beschermen.

De pogrom van Kishinev duurde drie dagen. Ook het buitenland was getuige van deze beestigheden die werden gedaan en geen autoriteit die een hand uitstak tot de volkswoede bekoeld was. De New York Times beschreef de rellen als volgt: "De anti-joodse rellen in Kishinev, Bessarabië, zijn veel ernstiger dan de censuur voor publicatie toelaat. Er was een goed uitgedacht plan aanwezig voor deze algemene massacre op de joden, volgend op het Russische Pasen. De meute werd opgehitst door priesters en de kreet 'Dood aan de Joden!' werd door de hele stad overgenomen. De joden waren volkomen weerloos en werden afgeslacht als schapen. Het dodental bedroeg 120 en meer dan 500 gewonden. De afschuwelijke taferelen die zich afspeelden tijdens deze massacre tarten elke verbeelding. Kleine babies werden letterlijk uiteen gescheurd door een buiten haar zinnen en bloeddorstige massa. De locale politie deed geen enkele poging om de slachtpartij de stoppen. Tegen de volgende zonsopgang lagen de lijken en gewonden opgestapeld in de straten. Diegenen die op tijd konden wegraken ontsnapten aan de terreur en de stad is nu praktisch verlaten door de joden."

Na twee dagen van bloedige rellen besliste de tsaar: "Ok, het is genoeg geweest. Missie volbracht. Nu is het tijd dat het gedaan is." Waarop zijn Minister van BZ, Vjacheslav von Plehve, op de derde dag van de rellen het bevel gaf om de pogrom te beindigen. En zo geschiede. Na de pogrom bleken het aantal slachtoffers lager te zijn uitgevallen dan eerst werd gedacht. Uiteindelijk werden 47 joden vermoord (sommige bronnen vermelden 49), 92 werden zwaargewond, 500 licht gewond en meer dan 700 huizen werden geplunderd en verwoest. Het materiële verlies werd geschat op 2.500.000 goudroebels en ongeveer 2.000 gezinnen werden dakloos.

Zowel Russen als Roemenen hadden deelgenomen aan de rellen. Russen waren vanuit andere steden naar Kishinev overgekomen en studenten van theologische seminaries en hogescholen en colleges speelden een leidende rol in deze pogrom. Het in de stad aanwezige garnizoen van 5.000 Russische soldaten bleef in de kazerne, tot ze pas op de derde dag het bevel kreeg om te reageren. Ook het buitenland reageerde geschokt op de pogroms. Protestbetogingen werden gehouden over de ganse wereld zowel in Londen, Parijs als in New York. De Amerikaanse president Theodore Roosevelt liet een protestbrief afgeven aan de tsaar, maar die weigerde om hem in ontvangst te nemen. Onder druk van de internationale opinie werden sommige deelnemers aan de pogrom voor de rechter gebracht maar ze kregen slechts lichte straffen.