Na zijn terugkeer in België blijkt Albert zijn oproepingsbevel voor onder de wapens te dienen te hebben gemist en meldt zich aan bij de Rijkswacht. Hij moet voor de krijgsraad verschijnen omdat hij zogenaamd in de 'vreemd leger' heeft gediend, maar wordt niet veroordeeld en wordt terug onder de wapens geroepen want de Tweede Oorlog staat op het punt van uitbreken. Tijdens de Achttiendaagse Veldtocht rollen de nazi's als een pletwals in vijf dagen over Nederland. België, dat na zware gevechten die aan 20.000 Belgische burgers en militairen het leven zal kosten, capituleert nauwelijks twee weken later wanneer koning Leopold III en dat zonder instemming van de Belgische regering, de capitulatie betekent. 225.000 Belgische soldaten komen terecht in krijgsgevangenschap en de meesten van hen zullen hun oorlogsjaren doorbrengen in de vele militaire gevangenenkampen in Duitsland.

Albert kan echter bijtijds ontkomen en duikt voor een aantal maanden onder bij de familie Scheltiens aan de Battelsesteenweg die in Mechelen het café De Nieuwen Buiten uitbaten. Net op tijd want de nazi's hadden al de eerste maanden van de bezetting lijsten aangelegd van de teruggekeerde vrijwilligers die als lid van de Internationale Brigades tegen Franco [en dus ook tegen het Duitse Condor Legion!] hadden gevochten. De Geheime Feldpolizei was begonnen met in het geheim ex-Spanje-strijders op te pakken en ook Albert wordt gezocht door de Duitse bezetter. Een aantal oud-Spanjestrijders worden effectief gearresteerd en onverwijld naar concentratiekampen in Duitsland gedeporteerd.

Door verschillende oorzaken bevonden socialisten en communisten zich in de eerste maanden van de bezetting in een moeilijke situatie. De socialisten zagen zich geconfronteerd met hun voorzitter Hendrik de Man, die kort na de inval de Belgische Werklieden Partij (BWP) had ontbonden en zijn vertrouwen schonk aan de Nieuwe Orde. Na de ontbinding van de vakbonden riep hij de socialisten op om lid te worden van de door de Duitsers opgerichte Unie van Hand- en Geestarbeiders van Edgard Delvo. Voor de communisten lag de situatie anders. In augustus 1939 had nazi-Duitsland een niet-aanvalsverdrag getekend met de Sovjet-Unie, zodat de Belgische communisten in de eerste maanden an de bezetting quasi ongemoeid werden gelaten, op de oud-Spanjestrijders na, die naarstig opgespoord werden door de Gestapo.

De communisten maakten zich echter geen illusies en vermoedden dat zij snel aan de beurt zouden komen en zij bereidden zich voor op een leven in de clandestiniteit. Daartoe werd op 15 maart 1941 door Fernand Demany, katholiek priester Boland en Albert Marteaux het Onafhankelijkheidsfront opgericht. Slechts drie maanden later, wordt hun vrees bewaarheid wanneer Operatie Barbarossa van start gaat en op 22 juni 1941 de nazi's Rusland binnentrekken. Vanaf dan worden in bezet gebied de communisten de facto vogelvrij verklaard en riskeren ze waar dan ook om opgepakt en gedeporteerd te worden.

Tot het Onafhankelijkheidsfront traden spoedig verschillende organisaties en partijen toe, als belangrijkste de Communistische Partij in haar geheel, de Clandestiene Socialistische Partij, het Joods Verdedigingscomiteit, de Patriottische Milities e.a. Onder impuls van vooral oud-Spanjestrijders worden de Gewapende Partizanen opgericht, met als Nationaal Commandant Raoul Baligand uit Charleroi. De Gewapende Partizanen, kortweg P.A. (van Partisans Armées), worden daarmee zowat de gewapende arm van het Onafhankelijkheidsfront maar dat toch haar eigen commando en structuur behoudt.

Ook Albert De Coninck sluit zich aan bij de Partizanen. Na enkele maanden ondergedoken te zijn, krijgt hij terug contact met de KP en een aantal oud-Spanjestrijders. Albert begint in het Mechelse met de organisatie van wat hij noemt 'speciale groepen van drie' [drie mensen] die worden getraind voor de sabotage van de Duitse oorlogsmachine en het verzamelen van het door het Belgisch Leger achtergelaten oorlogsmaterieel. Deze 'speciale groepen van drie', ook basiseenheid of detachment genoemd, worden vanaf september 1941 georganizeerd binnen het Belgisch Partizanenleger. In principe telt een detachment 3 man, een compagnie 4 x 3 man (12 man), een bataljon 4 x 12 man (48 man) en uiteindelijk een krops: 4 x 48 ma (184 man). Alleen de leider van om het even welke eenheid kent de chef van een hogere geleding.

Albert: "Groepjes van drie. Ik kan daar een heel schema van tekenen, hoe dat ineen zat. Soms werd er al eens vergaderd met vier, maar door de band genomen waren we met drie. Zelfs de Amerikanen begrepen er niks van. Die Amerikaan, die chief-pilot verstond er niks van. Dat was begrijpelijk, die kwam uit ik weet niet welk landje in Amerika en die kwam bombarderen, dat was alles. [..] De verantwoordelijke van de drie doorgegeven. Dat ging door de band via een courier of een koerierster want dat waren door de band vrouwen die koerierster speelden. Die de berichten overbrachten naar links of naar rechts omdat die minder opvielen. Op het laatste niet meer natuurlijk. Dan hielden ze zo goed de vrouwen aan als de mannen, maar enfin die hadden toch meer kans erdoor te glippen dan de mannen. En zo ging dat verder."

De eerste Partizanen worden bijna uitsluitend bij de KPB (Belgische communisten) gerecruteerd en het bevel bllijft steeds in handen van communisten. In de geïndustrialiseerde centra van ons land leveren de communisten soms tot 40% van de effectieven. In 1943 blijkt uit rapporten van de Belgsche Staatsveiligheid in Londen dat de communisten binnen de Partizanen al geruime tijd niet meer in de meerderheid zijn. Van een politieke werking door de communistische kaders is het nooit kunnen komen. Alle energie ging naar het organiseren van het verzet.